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김형범
김형범 (Hyongbum Henry Kim) 저자 이메일 보기
연세대학교 의과대학
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  CV updated 2021-09-24 12:22
 
조회 162  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
High-throughput functional evaluation of human cancer-associated mutations using base editors
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Abstract

Comprehensive phenotypic characterization of the many mutations found in cancer tissues is one of the biggest challenges in cancer genomics. In this study, we evaluated the functional effects of 29,060 cancer-related transition mutations that result in protein variants on the survival and proliferation of non-tumorigenic lung cells using cytosine and adenine base editors and single guide RNA (sgRNA) libraries. By monitoring base editing efficiencies and outcomes using surrogate target sequences paired with sgRNA-encoding sequences on the lentiviral delivery construct, we identified sgRNAs that induced a single primary protein variant per sgRNA, enabling linking those mutations to the cellular phenotypes caused by base editing. The functions of the vast majority of the protein variants (28,458 variants, 98%) were classified as neutral or likely neutral; only 18 (0.06%) and 157 (0.5%) variants caused outgrowing and likely outgrowing phenotypes, respectively. We expect that our approach can be extended to more variants of unknown significance and other tumor types.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2022년 06월 (BRIC 등록일 2022-06-20)
- 연구진: 국내(교신)+국외 연구진태극기
- 분야: Biotechnology
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