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정기백
정기백 (Ki-Baek Jeong) 저자 이메일 보기
경희대학교, 현 한국생명공학연구원
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421 KB
  CV updated 2020-10-30 10:15
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조회 306  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
Topological analysis of single-stranded DNA with an alpha-hederin nanopore
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Abstract

Nanopores have been emerged as a powerful tool for analyzing the structural information and interactional properties of a range of biomolecules. The spatial resolution of nanopore is determined by the diameter and effective thickness of its constriction region, but the presence of vestibule or stem structure in protein-based nanopore could negatively affect the sensitivity of the nanopore when applied for genome sequencing and topological analysis of DNA. Recently, alpha-hederin (Ah) has been reported to form a sub-nanometer scale pore structure in lipid membrane. With the simple structure and extremely small effective thickness, the Ah nanopore was shown to discriminate four different types of nucleotides. However, identification of a certain nucleotide in a strand of DNA, which is essential for genome sequencing, remains challenging. Here, we investigated the resolving capability of Ah nanopore to discriminate few nucleotides in a strand of single-stranded DNA, and the factors determining the sensitivity of Ah nanopore. The Ah nanopore was shown to be able to identify as few as three adenosine nucleotides in a strand of poly cytidine, in which the dwell time of the additional current blockade that represents the adenosine residue was in good agreement with their physical length. We also found that the lateral tension and chain pressure generated around the nanopore were influenced by pore's diameter and played as a dependent variables to determine the geometry of nanopore's constriction as well as the spatial resolution of the Ah nanopore.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2020년 10월 (BRIC 등록일 2020-10-29)
- 연구진: 국내연구진태극기
- 분야: Nanobio, Food_Technology, Biotechnology
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  댓글 1
회원작성글 ysmleo1  (2020-12-01 18:00)
축하드립니다 형님!!!!!
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