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김나혜
김나혜 (Nahye Kim) 저자 이메일 보기
연세대학교 의과대학
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Prediction of the sequence-specific cleavage activity of Cas9 variants
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Abstract

Several Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9) variants have been developed to improve an enzyme’s specificity or to alter or broaden its protospacer-adjacent motif (PAM) compatibility, but selecting the optimal variant for a given target sequence and application remains difficult. To build computational models to predict the sequence-specific activity of 13 SpCas9 variants, we first assessed their cleavage efficiency at 26,891 target sequences. We found that, of the 256 possible four-nucleotide NNNN sequences, 156 can be used as a PAM by at least one of the SpCas9 variants. For the high-fidelity variants, overall activity could be ranked as SpCas9 ≥ Sniper-Cas9 > eSpCas9(1.1) > SpCas9-HF1 > HypaCas9 ≈ xCas9 >> evoCas9, whereas their overall specificities could be ranked as evoCas9 >> HypaCas9 ≥ SpCas9-HF1 ≈ eSpCas9(1.1) > xCas9 > Sniper-Cas9 > SpCas9. Using these data, we developed 16 deep-learning-based computational models that accurately predict the activity of these variants at any target sequence.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2020년 06월 (BRIC 등록일 2020-06-09)
- 연구진: 국내연구진태극기
- 분야: Biotechnology, Genetics, Genomics
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일자: 2020년 9월 29일 (화) 오후 02시 (한국시간)
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