[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 회원가입   로그인
BRIC홈 한국을 빛내는 사람들
웹진 Vol.22, No.8 (2020년 8월) 발간
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
과학으로 본 코로나19 (COVID-19)
전체보기 추천논문 상위피인용논문 인터뷰 그이후 한빛사통계
김나혜
김나혜 (Nahye Kim) 저자 이메일 보기
연세대학교 의과대학
저자CV 보기
550 KB
 
조회 746  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
Prediction of the sequence-specific cleavage activity of Cas9 variants
열기 Authors and Affiliations

Abstract

Several Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9) variants have been developed to improve an enzyme’s specificity or to alter or broaden its protospacer-adjacent motif (PAM) compatibility, but selecting the optimal variant for a given target sequence and application remains difficult. To build computational models to predict the sequence-specific activity of 13 SpCas9 variants, we first assessed their cleavage efficiency at 26,891 target sequences. We found that, of the 256 possible four-nucleotide NNNN sequences, 156 can be used as a PAM by at least one of the SpCas9 variants. For the high-fidelity variants, overall activity could be ranked as SpCas9 ≥ Sniper-Cas9 > eSpCas9(1.1) > SpCas9-HF1 > HypaCas9 ≈ xCas9 >> evoCas9, whereas their overall specificities could be ranked as evoCas9 >> HypaCas9 ≥ SpCas9-HF1 ≈ eSpCas9(1.1) > xCas9 > Sniper-Cas9 > SpCas9. Using these data, we developed 16 deep-learning-based computational models that accurately predict the activity of these variants at any target sequence.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2020년 06월 (BRIC 등록일 2020-06-09)
- 연구진: 국내연구진태극기
- 분야: Biotechnology, Genetics, Genomics
관련 보도자료
최적 효율의 유전자 가위 추천 알고리즘 개발
유전자를 교정하고자 하는 상황에 따라 가장 효율적인 유전자 가위를 추천해주는 알고리즘이 개발됐다. 기초과학연구원(IBS) 나노의학 연구단(단장 천진우) 김형범 연구위원(연세대의대 약리학교실 교수) 연구팀은 13종 유...
발달장애, 지적장애 Armfield syndrome의 원인유전자 FAM50A 발견[Nat. Commun.]
김철희
발표: 김철희 (충남대학교)
일자: 2020년 8월 19일 (수) 오후 04시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기
다중오믹스 분석을 통한 식물 할로게나제 발견[Nat. Commun.]
김영훈
발표: 김영훈 (Massachusetts Institute...)
일자: 2020년 8월 27일 (목) 오전 10시 (한국시간)
언어: 영어
참석자 접수신청하기

  댓글 0
등록
 
생화학분자생물학회
관련링크
김나혜 님 전체논문보기 >
관련인물
관련분야 논문보기
Biotechnology

Genetics

Biochemistry

외부링크
Google (by Nahye Kim)
Pubmed (by Nahye Kim)
프리미엄 Bio일정 Bio일정 프리미엄 안내
[EIRIC 세미나] 인공지능기반 데이터주도 정밀의료 및 신약개발
대용량 유전자(1~800개 유전자) 발현 정량 시스템 nanoString Webex에 초대합니다.
[고용부 재직자 무료과정] FDA Process Validation을 위한 통계처리 과정
[고용부 재직자 무료과정] FDA Process Validation을 위한 통계처리 과정
날짜: 2020.08.12~14
장소: 경기도 안양시 동안구 시민대로 401 대륭테크노타운15차 901호 이레테크데이터랩스
1st BioDrone Award 차세대 약물 전달 플랫폼 연구공모전
첨단바이오의약품 개발 및 분석기술 워크숍(이론/실습)
첨단바이오의약품 개발 및 분석기술 워크숍(이론/실습)
날짜: 2020.08.12
장소: (워크샵) 온라인 / (실습) 각 협력기관 소재지
제24회  젊은과학자상 선정 계획 공고
제24회 젊은과학자상 선정 계획 공고
날짜: 2020.08.14
주관: 과학기술정보통신부, 한국연..
위로가기
한빛사 홈  |  한빛사FAQ  |  한빛사 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
머크