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김형범
김형범 (Hyongbum Henry Kim) 저자 이메일 보기
연세대학교 의과대학
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  CV updated 2021-09-24 12:22
 
조회 2209  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
High-throughput analysis of the activities of xCas9, SpCas9-NG and SpCas9 at matched and mismatched target sequences in human cells
열기 Authors and Affiliations

Abstract

The applications of clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-based genome editing can be limited by a lack of compatible protospacer adjacent motifs (PAMs), insufficient on-target activity and off-target effects. Here, we report an extensive comparison of the PAM-sequence compatibilities and the on-target and off-target activities of Cas9 from Streptococcus pyogenes (SpCas9) and the SpCas9 variants xCas9 and SpCas9-NG (which are known to have broader PAM compatibility than SpCas9) at 26,478 lentivirally integrated target sequences and 78 endogenous target sites in human cells. We found that xCas9 has the lowest tolerance for mismatched target sequences and that SpCas9-NG has the broadest PAM compatibility. We also show, on the basis of newly identified non-NGG PAM sequences, that SpCas9-NG and SpCas9 can edit six previously unedited endogenous sites associated with genetic diseases. Moreover, we provide deep-learning models that predict the activities of xCas9 and SpCas9-NG at the target sequences. The resulting deeper understanding of the activities of xCas9, SpCas9-NG and SpCas9 in human cells should facilitate their use.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2020년 01월 (BRIC 등록일 2020-01-16)
- 연구진: 국내(교신)+국외 연구진태극기
- 분야: Genetics, Genomics
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