[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 sale 회원가입   로그인
BRIC홈 한국을 빛내는 사람들
울산대학교 의과대학
배너광고안내
이전
다음
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
과학으로 본 코로나19 (COVID-19)
전체보기 추천논문 상위피인용논문 인터뷰 그이후 한빛사통계
김상우
김상우 (Sangwoo Kim) 저자 이메일 보기
연세대학교 의과대학
저자CV 보기
415 KB
 
조회 688  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
Impact of mouse contamination in genomic profiling of patient-derived models and best practice for robust analysis
열기 Authors and Affiliations

Abstract

Background
Patient-derived xenograft and cell line models are popular models for clinical cancer research. However, the inevitable inclusion of a mouse genome in a patient-derived model is a remaining concern in the analysis. Although multiple tools and filtering strategies have been developed to account for this, research has yet to demonstrate the exact impact of the mouse genome and the optimal use of these tools and filtering strategies in an analysis pipeline.

Results
We construct a benchmark dataset of 5 liver tissues from 3 mouse strains using human whole-exome sequencing kit. Next-generation sequencing reads from mouse tissues are mappable to 49% of the human genome and 409 cancer genes. In total, 1,207,556 mouse-specific alleles are aligned to the human genome reference, including 467,232 (38.7%) alleles with high sensitivity to contamination, which are pervasive causes of false cancer mutations in public databases and are signatures for predicting global contamination. Next, we assess the performance of 8 filtering methods in terms of mouse read filtration and reduction of mouse-specific alleles. All filtering tools generally perform well, although differences in algorithm strictness and efficiency of mouse allele removal are observed. Therefore, we develop a best practice pipeline that contains the estimation of contamination level, mouse read filtration, and variant filtration.

Conclusions
The inclusion of mouse cells in patient-derived models hinders genomic analysis and should be addressed carefully. Our suggested guidelines improve the robustness and maximize the utility of genomic analysis of these models.

Keywords: Benchmark, Patient-derived model, Genomic analysis, Mouse contamination, Best practice, Read filtering

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2019년 11월 (BRIC 등록일 2019-11-12)
- 연구진: 국내연구진태극기
- 분야: Bioinformatics, Genomics, Cancer Biology/Oncology
관련 보도자료
암세포 분석 정확도를 높이는 유전자 검사법 개발
김상우 교수(연세대학교 의과대학) 연구팀이 환자의 암세포 시료를 분석할 때 외부요인을 줄여 분석의 정확도를 높이는 방법을 개발했다고 과학기술정보통신부는 밝혔다. 환자의 치료과정에서 유전자검사나 약물반응검사 등을...
효모 단백질 잡종법을 이용한 인간 단백질 간 상호작용 지도 구축 [Nature]
김대겸
발표: 김대겸 (University of Toronto)
일자: 2020년 11월 3일 (화) 오전 10시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기
혈뇌장벽(BBB) - 투과성 Parkin 융합 재조합단백질 「파킨슨병 치료신약 iCP-Parkin』의 세포 보호 기전 규명 [Sci. Adv.]
정은나
발표: 정은나 (셀리버리)
일자: 2020년 11월 5일 (목) 오후 02시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기
Host adaption of Salmonella A2B5 toxins [Cell Host Microbe]
이소형
발표: 이소형 (Cornell University)
일자: 2020년 11월 13일 (금) 오전 10시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기
OsSGR 유전자 프로모터 변이에 의한 벼 아종 간 노화 차이 원인 규명 및 이를 이용한 생산량 증대 방법 개발 [Nat. Commun.]
이시철
발표: 이시철 (IBS(기초과학연구원) 식물노화수명연구단)
일자: 2020년 11월 18일 (수) 오후 02시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기

  댓글 0
등록
 
목록
일루미나
관련링크
김상우 님 전체논문보기 >
관련인물
관련분야 논문보기
Bioinformatics

Genomics

Biochemistry

외부링크
Google (by Sangwoo Kim)
Pubmed (by Sangwoo Kim)
프리미엄 Bio일정 Bio일정 프리미엄 안내
[국가R&D 정책포럼] 코로나 시대의 과학기술: 대학을 교육과 연구의 양 날개로 날게 하라
[국가R&D 정책포럼] 코로나 시대의 과학기술: 대학을 교육과 연구의 양 날개로 날게 하라
날짜: 2020.11.03
장소: 국회의원회관 제 1 세미나실, 유튜브 온라인 스트리밍
One Health 항생제 내성균 국제 심포지엄
One Health 항생제 내성균 국제 심포지엄
날짜: 2020.11.19~20
Online 개최
[Webinar] 2nd Generation Breast Cancer Prognostic Test EndoPredict Seminar에 초대합니다.
[Webinar] PhileKorea에서 생물학 분야 제품 웨비나에 협력업체 여러분을 초대합니다.
[고용보험가입자(재직자)] GLP 및 신뢰성보증 이해과정
[고용보험가입자(재직자)] GLP 및 신뢰성보증 이해과정
날짜: 2020.11.11~13
장소: 경기도 안양시 동안구 시민대로401 대륭테크노타운15차 901호 이레테크데이터랩스
[고용보험가입자(재직자)] FDA Process Validation을 위한 통계처리 과정(미니탭실습, 고용보험미가입자 참여불가)
[고용보험가입자(재직자)] FDA Process Validation을 위한 통계처리 과정(미니탭실습, 고용보험미가입자 참여불가)
날짜: 2020.11.04~06
장소: 경기도 안양시 동안구 시민대로 401 대륭테크노타운15차 9층, 이레테크데이터랩스
위로가기
한빛사 홈  |  한빛사FAQ  |  한빛사 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
머크 광고