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류국희
류국희 (Kook Hui Ryu) 저자 이메일 보기
University of Michigan
 
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Single-Cell RNA Sequencing Resolves Molecular Relationships Among Individual Plant Cells
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Abstract

Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) has been used extensively to study cell-specific gene expression in animals, but it has not been widely applied to plants. Here, we describe the use of a commercially available droplet-based microfluidics platform for high-throughput scRNA-seq to obtain single-cell transcriptomes from protoplasts of more than 10,000 Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) root cells. We find that all major tissues and developmental stages are represented in this single-cell transcriptome population. Further, distinct subpopulations and rare cell types, including putative quiescent center cells, were identified. A focused analysis of root epidermal cell transcriptomes defined developmental trajectories for individual cells progressing from meristematic through mature stages of root-hair and nonhair cell differentiation. In addition, single-cell transcriptomes were obtained from root epidermis mutants, enabling a comparative analysis of gene expression at single-cell resolution and providing an unprecedented view of the impact of the mutated genes. Overall, this study demonstrates the feasibility and utility of scRNA-seq in plants and provides a first-generation gene expression map of the Arabidopsis root at single-cell resolution.
 

논문정보 F1000선정
- 형식: Research article
- 게재일: 2019년 04월 (BRIC 등록일 2019-08-27)
- 연구진: 국외연구진
- 분야: Plant Science, Physiology
- 추천: Faculty of 1000 Biology
- 추천사유: Schaller G: F1000Prime Recommendation of [Ryu KH et al., Plant Physiol 2019 179(4):1444-1456]. In F1000Prime, 22 Aug 2019; 10.3410/f.735000419.793563862
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  댓글 1
회원작성글 Tilldawn  (2019-09-09 23:12)
류박사 축하합니다. plant single cell transcriptomics 배워야 겠네요 ㅎㅎ
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