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김천아
김천아 (Chuna Kim) 저자 이메일 보기
서울대학교
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  CV updated 2021-02-19 12:35
 
조회 3226  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
Long-read sequencing reveals intra-species tolerance of substantial structural variations and new subtelomere formation in C. elegans
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Abstract

Long-read sequencing technologies have contributed greatly to comparative genomics among species and can also be applied tostudy genomics within a species. In this study, to determine how substantial genomic changes are generated and tolerated withina species, we sequenced a C. elegans strain, CB4856, which is one of the most genetically divergent strains compared to the N2 reference strain. For this comparison,we used the Pacific Biosciences (PacBio) RSII platform (80×, N50 read length 11.8 kb) and generated de novo genome assemblyto the level of pseudochromosomes containing 76 contigs (N50 contig = 2.8 Mb). We identified structural variations that affectedas many as 2694 genes, most of which are at chromosome arms. Subtelomeric regions contained the most extensive genomic rearrangements,which even created new subtelomeres in some cases. The subtelomere structure of Chromosome VR implies that ancestral telomeredamage was repaired by alternative lengthening of telomeres even in the presence of a functional telomerase gene and thata new subtelomere was formed by break-induced replication. Our study demonstrates that substantial genomic changes includingstructural variations and new subtelomeres can be tolerated within a species, and that these changes may accumulate geneticdiversity within a species.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2019년 05월 (BRIC 등록일 2019-05-27)
- 연구진: 국내(교신)+국외 연구진태극기
- 분야: Genetics, Biotechnology, Molecular_Biology
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