[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 회원가입   로그인
BRIC홈 한국을 빛내는 사람들
웨비나 모집
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2
전체보기 추천논문 상위피인용논문 인터뷰 그이후 한빛사통계
김민수
김민수 (Min-Soo Kim) 저자 이메일 보기
DGIST
 
조회 258  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
MRPrimerW2: an enhanced tool for rapid design of valid high-quality primers with multiple search modes for qPCR experiments
열기 Authors and Affiliations

Abstract

For the best results in quantitative polymerase chain reaction (qPCR) experiments, it is essential to design high-quality primers considering a multitude of constraints and the purpose of experiments. The constraints include many filtering constraints, homology test on a huge number of off-target sequences, the same constraints for batch design of primers, exon spanning, and avoiding single nucleotide polymorphism (SNP) sites. The target sequences are either in database or given as FASTA sequences, and the experiment is for amplifying either each target sequence with each corresponding primer pairs designed under the same constraints or all target sequences with a single pair of primers. Many websites have been proposed, but none of them including our previous MRPrimerW fulfilled all the above features. Here, we describe the MRPrimerW2, the update version of MRPrimerW, which fulfils all the features by maintaining the advantages of MRPrimerW in terms of the kinds and sizes of databases for valid primers and the number of search modes. To achieve it, we exploited GPU computation and a disk-based key-value store using PCIe SSD. The complete set of 3 509 244 680 valid primers of MRPrimerW2 covers 99% of nine important organisms in an exhaustive manner. Free access: http://MRPrimerW2.com

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2019년 05월 (BRIC 등록일 2019-05-09)
- 연구진: 국내연구진태극기
- 분야: Bioinformatics
알츠하이머병에서 나타나는 미세아교세포의 대사재편성 손상과 대사촉진을 통한 세포기능의 재활성[Cell Metab.]
백성훈
발표: 백성훈 (School of Medicine UCLA)
일자: 2019년 8월 23일 (금) 오후 02시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기
LADL : 빛을 이용한 3차원 유전체 (3D genome) 구조와 유전자 발현의 조절[Nat. Methods]
김지훈
발표: 김지훈 (University of Pennsylvan...)
일자: 2019년 8월 30일 (금) 오전 10시 (한국시간)
언어:
참석자 접수신청하기
Cockayne syndrome B의 결핍으로 인한 크로마틴 리모델링에 따른 노화촉진 모델 연구[Nucleic Acids Res.]
이종혁
발표: 이종혁 (National Institutes of H...)
일자: 2019년 9월 6일 (금) 오전 11시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기

  댓글 0
등록
 
라이카코리아
관련링크
김민수 님 전체논문보기 >
관련인물
김혜린 (한국뇌연구원)
전하진 (DGIST)
관련분야 논문보기
Bioinformatics

외부링크
Google (by Min-Soo Kim)
Pubmed (by Min-Soo Kim)
제품평가
[코넥스트]
TDZyme (Collagenase)
제품이미지
모집인원: 25명
모집기간: ~8/30
신청조건: BRIC 회원
평가자 혜택

- 참가자 전원 5만원 상품권 제공
- 우수평가자 5명에게 10만원 상품권 추가 제공

제품평가자 모집중
프리미엄 Bio일정 Bio일정 프리미엄 안내
[BRIC Webinar]LADL : 빛을 이용한 3차원 유전체 (3D genome) 구조와 유전자 발현의 조절[Nat. Methods]
[대한골대사학회] 2020년 제4차 Young Leaders Camp 안내
[대한골대사학회] 2020년 제4차 Young Leaders Camp 안내
초록접수: ~2019.10.11
사전접수: ~2019.11.01
날짜: 2020.01.09~11
장소: 곤지암리조트
2019 Osong BioExcellence & BioSymposium
2019 Osong BioExcellence & BioSymposium
사전접수: ~2019.08.31
날짜: 2019.09.03~04
장소: 오송
2019 부산대학교 의학전문대학원 의과학과 Open Lab
2019 부산대학교 의학전문대학원 의과학과 Open Lab
사전접수: ~2019.08.23
날짜: 2019.08.29
장소: 부산대학교 의학전문대학원(양산캠퍼스) 통합행정동 116호
위로가기
한빛사 홈  |  한빛사FAQ  |  한빛사 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS