[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 회원가입   로그인
BRIC홈 농수식품
이벤트
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
전체보기 수산성과 식품성과 인터뷰
김성길
김성길 (Sunggil Kim) 저자 이메일 보기
전남대학교
 
조회 194  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
Identification of a gene responsible for cytoplasmic male-sterility in onions (Allium cepa L.) using comparative analysis of mitochondrial genome sequences of two recently diverged cytoplasms

Bongju Kim1, Tae-Jin Yang2, Sunggil Kim1,*

1 Department of Plant Biotechnology, Biotechnology Research Institute, Chonnam National University, Gwangju, Republic of Korea
2 Department of Plant Science, Plant Genomics and Breeding Institute, and Research Institute of Agriculture and Life Sciences, College of Agriculture and Life Sciences, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea

*To whom correspondence should be addressed.

Abstract
In onions (Allium cepa L.), cytoplasmic male-sterility (CMS) has been widely used in hybrid seed production. Two types of CMS (CMS-S and CMS-T) have been reported in onions. A complete mitochondrial genome sequence of the CMS-S cytoplasm has been reported in our previous study. Draft mitochondrial genome sequences of male-fertile normal and CMS-T-like cytoplasms are reported in this study. Raw reads obtained from normal and CMS-T-like cytoplasms were assembled into eight and nine almost identical contigs, respectively. After connection and reorganization of contigs by PCR amplification and genome walking, four scaffold sequences with total length of 339 and 180 bp were produced for the normal cytoplasm. A mitochondrial genome sequence of the CMS-T-like cytoplasm was obtained by mapping trimmed reads of CMS-T onto scaffold sequences of the normal cytoplasm. Compared with the CMS-S mitochondrial genome, the normal mitochondrial genome was highly rearranged with 31 syntenic blocks. A total of 499 single nucleotide polymorphisms (SNPs) or insertions/deletions were identified in these syntenic regions. On the other hand, normal and CMS-T-like mitochondrial genome sequences were almost identical except for orf725, a chimeric gene consisting of cox1 with other sequences. Only three SNPs were identified between normal and CMS-T-like syntenic sequences. These results indicate that orf725 is likely to be the casual gene for CMS induction in onions and that CMS-T-like cytoplasm has recently diverged from the normal cytoplasm by introduction of orf725.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2019년 02월 (BRIC 등록일 2019-02-14)
- 연구진:
- 분야: Genetics, Plant Science
  댓글 0
등록
 
목록
Springer Nature
외부관련링크
Google scholar (by Sunggil Kim)
Pubmed (by Sunggil Kim)
프리미엄 Bio일정 Bio일정 프리미엄 안내
BRIC X ThermoFisher Scientific과 함께하는 사이언스 바캉스
BRIC X ThermoFisher Scientific과 함께하는 사이언스 바캉스
사전접수: ~2019.07.26
날짜: 2019.08.07~08
장소: 강남구 광평로 281, 수서오피스빌딩 11층 (수서역 3번 출구)
2019 부산대학교 의학전문대학원 의과학과 Open Lab
2019 부산대학교 의학전문대학원 의과학과 Open Lab
사전접수: ~2019.08.20
날짜: 2019.08.29
장소: 부산대학교 의학전문대학원(양산캠퍼스) 통합행정동 116호
[BRIC Webinar]Microbiome 분석의 정확도와 재현성 향상 방법-경신과학(Zymo Research)
[대졸자 대상]바이오QC 실무과정 7기 모집
[대졸자 대상]바이오QC 실무과정 7기 모집
날짜: 2019.09.02~06.12
장소: 성남시 분당구 황새울로 329번길 5
(고용부 재직자 무료과정) 임상시험 관리 과정
(고용부 재직자 무료과정) 임상시험 관리 과정
날짜: 2019.07.17~19
장소: 경기도 성남시 분당구 판교로289번길 20 스타트업캠퍼스 2층 세미나실
(고용부 재직자 무료과정)바이오/의약분야 계약 및 협상의 이해과정
(고용부 재직자 무료과정)바이오/의약분야 계약 및 협상의 이해과정
날짜: 2019.07.24~26
장소: 경기도 성남시 분당구 판교로289번길 20 스타트업캠퍼스 2층 세미나실
생물정보 빅데이터 분석 UCC 공모전
생물정보 빅데이터 분석 UCC 공모전
날짜: 2019.08.22
주관: K-Genome 유전체빅데..
 
위로가기
농수식품 홈  |  농수식품 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS