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조성진
조성진 (Sung-Jin Cho) 저자 이메일 보기
충북대학교
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The genome of common long-arm octopus Octopus minor
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Abstract
Background
The common long-arm octopus (Octopus minor) is found in mudflats of subtidal zones and faces numerous environmental challenges. The ability to adapt its morphology and behavioural repertoire to diverse environmental conditions makes the species a promising model to understand genomic adaptation and evolution in cephalopods.

Findings
The final genome assembly of O. minor is 5.09 Gb, with a contig N50 size of 197 kb and longest size of 3.027 Mb, from a total of 419 Gb raw reads generated using PacBio RS II platform. We identified 30,010 genes and 44.43% of the genome is composed of repeat elements. The genome-wide phylogenetic tree indicated the divergence time between O. minor and O. bimaculoides was estimated to be 43 million years ago (Mya) based on single-copy orthologous genes. In total, 178 gene families are expanded in O. minor in the 14 bilaterian species.

Conclusion
We found that the O. minor genome was larger than that of closely related O. bimaculoides, and this difference could be explained by enlarged introns and recently diversified transposable elements. The high-quality O. minor genome assembly provides a valuable resource for understanding octopus genome evolution and the molecular basis of adaptations to mudflats.
논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2018년 09월 (BRIC 등록일 2018-11-06)
- 연구진: 국내연구진태극기
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