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이성현
이성현 (Seonghyun Lee) 저자 이메일 보기
서강대학교
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  CV updated 2021-02-24 13:07
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TAMRA-polypyrrole for A/T sequence visualization on DNA molecules
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Abstract
Fluorophore-linked, sequence-specific DNA binding reagents can visualize sequence information on a large DNA molecule. In this paper, we synthesized newly designed TAMRA-linked polypyrrole to visualize adenine and thymine base pairs. A fluorescent image of the stained DNA molecule generates an intensity profile based on A/T frequency, revealing a characteristic sequence composition pattern. Computer-aided comparison of this intensity pattern with the genome sequence allowed us to determine the DNA sequence on a visualized DNA molecule from possible intensity profile pattern candidates for a given genome. Moreover, TAMRA-polypyrrole offers robust advantages for single DNA molecule detection: no fluorophore-mediated photocleavage and no structural deformation, since it exhibits a sequence-specific pattern alone without the use of intercalating dyes such as YOYO-1. Accordingly, we were able to identify genomic DNA fragments from Escherichia coli cells by aligning them to the genomic A/T frequency map based on TAMRA-polypyrrole-generated intensity profiles. Furthermore, we showed band and interband patterns of polytene chromosomal DNA stained with TAMRA-polypyrrole because it prefers to bind AT base pairs.
논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2018년 06월 (BRIC 등록일 2018-06-22)
- 연구진: 국내(교신)+국외 연구진태극기
- 분야: Biochemistry
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