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서민석
서민석 (Minseok Seo) 저자 이메일 보기
서울대학교, Harvard Medical School and Brigham and Women’s Hospital
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171 KB
 
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The first whole transcriptomic exploration of pre-oviposited early chicken embryos using single and bulked embryonic RNA-sequencing
열기 Authors and Affiliations

Abstract
Background
The chicken is a valuable model organism, especially in evolutionary and embryology research because its embryonic development occurs in the egg. However, despite its scientific importance, no transcriptome data have been generated for deciphering the early developmental stages of the chicken because of practical and technical constraints accessing pre-oviposited embryos.

Findings
Here, we determine the entire transcriptome of pre-oviposited avian embryos, including oocyte, zygote, and intrauterine embryos from Eyal-giladi and Kochav stage I (EGK.I) to EGK.X collected using a non-invasive approach for the first time. We also compare RNA-sequencing data obtained using bulked embryo sequencing and single embryo/cell sequencing technique. The raw sequencing data were pre-processed with two different genome builds, Galgal4 and Galgal5, and the expression of 17,108 and 26,102 genes was quantified in the respective builds. There were some differences between the two techniques, as well as between the two genome builds, and these were affected by the emergence of long intergenic non-coding RNA annotations.

Conclusion
The first transcriptome datasets of pre-oviposited early chicken embryos based on bulked and single embryo sequencing techniques will serve as a valuable resource for investigating early avian embryogenesis, for comparative studies among vertebrates, and for novel gene annotation in the chicken genome.

Keywords : RNA-seq - Single embryonic sequencing - Single cell sequencing - Early embryo - Chicken
논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2018년 03월 (BRIC 등록일 2018-03-28)
- 연구진: 국내(교신)+국외 연구진태극기
- 분야: Developmental_Biology, Bioinformatics, Biotechnology
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김현민
발표: 김현민 (KAIST)
일자: 2020년 9월 29일 (화) 오후 02시 (한국시간)
언어: 한국어
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