[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 sale 회원가입   로그인
BRIC홈 한국을 빛내는 사람들
검색광고안내
산으로 가는 전공 이야기
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
과학으로 본 코로나19 (COVID-19)
전체보기 추천논문 상위피인용논문 인터뷰 그이후 한빛사통계
조성진
조성진 (Sung-Jin Cho) 저자 이메일 보기
충북대학교
조회 942  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
The developmental transcriptome atlas of the spoon worm Urechis unicinctus (Echiurida: Annelida)
열기 Authors and Affiliations

Abstract

Background
Echiurida is one of the most intriguing major subgroups of annelida, because unlike most other annelids, echiurids lack metameric body segmentation as adults. For this reason, transcriptome analyses from various developmental stages of echiurid species can be of substantial value for understanding precise expression levels and the complex regulatory networks during early and larval development.

Findings
A total of 914 million raw RNA-Seq reads were produced from 14 developmental stages of Urechis unicinctus, and were de novo assembled into contigs spanning 63,928,225 bp with an N50 length of 2,700 bp. The resulting comprehensive transcriptome database of the early developmental stages of U. unicinctus consists of 20,305 representative functional protein-coding transcripts. Approximately 66% of unigenes were assigned to superphylum-level taxa, including Lophotrochozoa (40%). The completeness of the transcriptome assembly was assessed using BUSCO and 75.7% of the metazoan single-copy orthologs were presented in our transcriptome database. We observed three distinct patterns of global transcriptome profiles from 14 developmental stages and identified a total of 12,705 genes that showed dynamic regulation patterns during the differentiation and maturation of U. unicinctus cells.

Conclusions
We present the first large-scale developmental transcriptome dataset of U. unicinctus and provide a general overview of the dynamics of global gene expression changes during its early developmental stages. The analysis of time-course gene expression data is a first step toward understanding the complex developmental gene regulatory networks in U. unicinctus and will furnish a valuable resource for analyzing the functions of gene repertoires in various developmental phases.

Keywords: Urechis unicinctus, Echiurida, Developmental transcriptome, RNA-Seq, de novo assembly

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2018년 02월 (BRIC 등록일 2018-02-27)
- 연구진: 국내연구진태극기
관련 보도자료
‘개불’ 유전자 지도 해독
‘개불’ 유전자 지도 해독    한국일보  |  2018.03.16
국내 연구진이 개불의 발생단계별 유전자 지도를 세계 최초로 해독했다. 15일 해앙수산부에 따르면 이화여대 박중기 교수팀과 전남대 박춘구ㆍ충북대 조성진 교수팀은 공동연구를 통해 개불이 수정란으로부터 유생에 이르기까지...
Dot/Icm 제 4 유형 커플링 단백질 복합체의 선택적 이펙터 단백질 인식[Nat. Commun.]
김현민
발표: 김현민 (KAIST)
일자: 2020년 9월 29일 (화) 오후 02시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기

  댓글 0
등록
 
목록
성균관대 삼성융합의과학원
관련링크
조성진 님 전체논문보기 >
관련인물
외부링크
Google (by Sung-Jin Cho)
Pubmed (by Sung-Jin Cho)
프리미엄 Bio일정 Bio일정 프리미엄 안내
[Webinar] Benchtop type으로 정확하고 경제적인 GenapSys NGS Sequencing System을 소개합니다.
제15회 KSGCT 정기학술대회/온라인
제15회 KSGCT 정기학술대회/온라인
초록접수: ~2020.10.08
사전접수: ~2020.10.23
날짜: 2020.11.05~06
Online 개최
대구경북과학기술원 (DGIST) 뇌·인지과학전공 온라인 전공설명회 개최
위로가기
한빛사 홈  |  한빛사FAQ  |  한빛사 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
에펜도르프코리아 광고