[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 회원가입   로그인
BRIC홈 한국을 빛내는 사람들
랩박스 - 형광 이미징의 모든 것
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
과학으로 본 코로나19 (COVID-19)
전체보기 추천논문 상위피인용논문 인터뷰 그이후 한빛사통계
정제균
정제균 (Je-Gun Joung) 저자 이메일 보기
삼성서울병원
조회 1207  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
SIDR: simultaneous isolation and parallel sequencing of genomic DNA and total RNA from single cells
열기 Authors and Affiliations

Abstract
Simultaneous sequencing of the genome and transcriptome at the single-cell level is a powerful tool for characterizing genomic and transcriptomic variation and revealing correlative relationships. However, it remains technically challenging to analyze both the genome and transcriptome in the same cell. Here, we report a novel method for simultaneous isolation of genomic DNA and total RNA (SIDR) from single cells, achieving high recovery rates with minimal cross-contamination, as is crucial for accurate description and integration of the single-cell genome and transcriptome. For reliable and efficient separation of genomic DNA and total RNA from single cells, the method uses hypotonic lysis to preserve nuclear lamina integrity and subsequently captures the cell lysate using antibody-conjugated magnetic microbeads. Evaluating the performance of this method using real-time PCR demonstrated that it efficiently recovered genomic DNA and total RNA. Thorough data quality assessments showed that DNA and RNA simultaneously fractionated by the SIDR method were suitable for genome and transcriptome sequencing analysis at the single-cell level. The integration of single-cell genome and transcriptome sequencing by SIDR (SIDR-seq) showed that genetic alterations such as copy-number and single nucleotide variations were much accurately captured by single-cell SIDR-seq compared to that by conventional single-cell RNA-seq, although copy-number variations positively correlated with the corresponding gene expression levels. These results suggest that SIDR-seq is potentially a powerful tool to reveal genetic heterogeneity and phenotypic information inferred from gene expression patterns at the single-cell level.

KEYWORDS: single cell, genomic DNA, total RNA, sequencing
논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2017년 12월 (BRIC 등록일 2017-12-07)
- 연구진: 국내연구진태극기
- 분야: Genetics, Biotechnology, Molecular_Biology
낮은 조도 하에서 금나노클러스터([Au25(Cys)18])에 의한 광촉매 살균 강화 [Nat. Commun.]
황기병
발표: 황기병 (University College Londo...)
일자: 2020년 6월 12일 (금) 오후 04시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기
소포체와 라이소좀의 소통: Bax Inhibitor-1 연구[Autophagy]
채한정
발표: 채한정 (전북의대 약리학교실)
일자: 2020년 6월 23일 (화) 오후 02시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기
과 활성화된 골수 세포의 재생 체계 (Myeloid regeneration pathway)로 인한 골수성 백혈병의 발병 기전[J. Exp. Med.]
강윤아
발표: 강윤아 (Columbia University, Uni...)
일자: 2020년 6월 25일 (목) 오전 10시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기

  댓글 0
등록
 
목록
라이브셀인스트루먼트
관련링크
정제균 님 전체논문보기 >
관련인물
관련분야 논문보기
Genetics

Biotechnology

Biochemistry

외부링크
Google (by Je-Gun Joung)
Pubmed (by Je-Gun Joung)
프리미엄 Bio일정 Bio일정 프리미엄 안내
[고용부 재직자 무료과정] 임상시험 관리 과정
[고용부 재직자 무료과정] 임상시험 관리 과정
날짜: 2020.06.17~19
장소: 경기도 안양시 동안구 시민대로 401 대륭테크노타운 15차 9층 이레테크 데이터랩스
유전체 빅데이터 분석 예비전문가 과정 (8기) 모집
유전체 빅데이터 분석 예비전문가 과정 (8기) 모집
사전접수: ~2020.06.25
날짜: 2020.07.06~09.11
장소: 한국바이오협회
대구경북과학기술원 (DGIST) 뇌·인지과학전공 온라인 전공설명회
대구경북과학기술원 (DGIST) 뇌·인지과학전공 온라인 전공설명회
사전접수: ~2020.06.14
날짜: 2020.06.15
Online 개최
[BRIC Webinar]Genomic Selection and SNP Genotyping in Crops and Livestock[illumina Korea]
nanoString(PhileKorea)과 illumina의 Digital Spatial Profiling Seminar에 초대합니다.
[고용부 재직자 무료과정] 바이오/의약분야 계약 및 협상의 이해과정
[고용부 재직자 무료과정] 바이오/의약분야 계약 및 협상의 이해과정
날짜: 2020.06.10~12
장소: 경기도 안양시 동안구 시민대로 401 901 대륭테크노타운15차 9층
[BRIC Webinar]낮은 조도 하에서 금나노클러스터([Au25(Cys)18])에 의한 광촉매 살균 강화 [Nat. Commun.]
Azure Cielo real-time PCR system 런칭 기념 본사 Webinar
SYNTHEGO CRISPR Genom Editing Virtual Seminar
SYNTHEGO CRISPR Genom Editing Virtual Seminar
날짜: 2020.06.17
Online 개최
[오송첨단의료산업진흥재단] 바이오의약품 전문인력 양성교육 2차 교육생 모집
[오송첨단의료산업진흥재단] 바이오의약품 전문인력 양성교육 2차 교육생 모집
사전접수: ~2020.06.12
날짜: 2020.06.22~08.21
장소: 충북 청주시 흥덕구 오송읍 오송생명로 123 오송첨단의료산업진흥재단
위로가기
한빛사 홈  |  한빛사FAQ  |  한빛사 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
머크