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박동현
박동현 (Donghyun Park) 저자 이메일 보기
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SIDR: simultaneous isolation and parallel sequencing of genomic DNA and total RNA from single cells
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Abstract
Simultaneous sequencing of the genome and transcriptome at the single-cell level is a powerful tool for characterizing genomic and transcriptomic variation and revealing correlative relationships. However, it remains technically challenging to analyze both the genome and transcriptome in the same cell. Here, we report a novel method for simultaneous isolation of genomic DNA and total RNA (SIDR) from single cells, achieving high recovery rates with minimal cross-contamination, as is crucial for accurate description and integration of the single-cell genome and transcriptome. For reliable and efficient separation of genomic DNA and total RNA from single cells, the method uses hypotonic lysis to preserve nuclear lamina integrity and subsequently captures the cell lysate using antibody-conjugated magnetic microbeads. Evaluating the performance of this method using real-time PCR demonstrated that it efficiently recovered genomic DNA and total RNA. Thorough data quality assessments showed that DNA and RNA simultaneously fractionated by the SIDR method were suitable for genome and transcriptome sequencing analysis at the single-cell level. The integration of single-cell genome and transcriptome sequencing by SIDR (SIDR-seq) showed that genetic alterations such as copy-number and single nucleotide variations were much accurately captured by single-cell SIDR-seq compared to that by conventional single-cell RNA-seq, although copy-number variations positively correlated with the corresponding gene expression levels. These results suggest that SIDR-seq is potentially a powerful tool to reveal genetic heterogeneity and phenotypic information inferred from gene expression patterns at the single-cell level.

KEYWORDS: single cell, genomic DNA, total RNA, sequencing
논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2017년 12월 (BRIC 등록일 2017-12-07)
- 연구진: 국내연구진태극기
- 분야: Genetics, Biotechnology, Molecular_Biology
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