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김승일
김승일 (Seungill Kim) 저자 이메일 보기
서울대학교
 
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Genome analysis of Hibiscus syriacus provides insights of polyploidization and indeterminate flowering in woody plants
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Abstract

Hibiscus syriacus (L.) (rose of Sharon) is one of the most widespread garden shrubs in the world. We report a draft of the H. syriacus genome comprised of a 1.75?Gb assembly that covers 92% of the genome with only 1.7% (33?Mb) gap sequences. Predicted gene modeling detected 87,603 genes, mostly supported by deep RNA sequencing data. To define gene family distribution among relatives of H. syriacus, orthologous gene sets containing 164,660 genes in 21,472 clusters were identified by OrthoMCL analysis of five plant species, including H. syriacus, Arabidopsis thaliana, Gossypium raimondii, Theobroma cacao and Amborella trichopoda. We inferred their evolutionary relationships based on divergence times among Malvaceae plant genes and found that gene families involved in flowering regulation and disease resistance were more highly divergent and expanded in H. syriacus than in its close relatives, G. raimondii (DD) and T. cacao. Clustered gene families and gene collinearity analysis revealed that two recent rounds of whole-genome duplication were followed by diploidization of the H. syriacus genome after speciation. Copy number variation and phylogenetic divergence indicates that WGDs and subsequent diploidization led to unequal duplication and deletion of flowering-related genes in H. syriacus and may affect its unique floral morphology.

Hibiscus syriacus, Whole Genome Duplication, Diploidization, Multivoltinism, Homeolog

논문정보 F1000선정
- 형식: Research article
- 게재일: 2017년 02월 (BRIC 등록일 2017-08-29)
- 연구진: 국내연구진태극기
- 분야: Genetics
- 추천: Faculty of 1000 Biology
- 추천사유: F1000Prime Recommendations, Dissents and Comments for [Kim YM et al., DNA Res 2017, 24(1):71-80]. In F1000Prime, 29 Aug 2017; F1000Prime.com/727178795
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