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문윤원
문윤원 (Yunwon Moon) 저자 이메일 보기
서울시립대학교
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Multi-dimensional histone methylations for coordinated regulation of gene expression under hypoxia
열기 Authors and Affiliations

Abstract
Hypoxia increases both active and repressive histone methylation levels via decreased activity of histone demethylases. However, how such increases coordinately regulate induction or repression of hypoxia-responsive genes is largely unknown. Here, we profiled active and repressive histone tri-methylations (H3K4me3, H3K9me3, and H3K27me3) and analyzed gene expression profiles in human adipocyte-derived stem cells under hypoxia. We identified differentially expressed genes (DEGs) and differentially methylated genes (DMGs) by hypoxia and clustered the DEGs and DMGs into four major groups. We found that each group of DEGs was predominantly associated with alterations in only one type among the three histone tri-methylations. Moreover, the four groups of DEGs were associated with different TFs and localization patterns of their predominant types of H3K4me3, H3K9me3 and H3K27me3. Our results suggest that the association of altered gene expression with prominent single-type histone tri-methylations characterized by different localization patterns and with different sets of TFs contributes to regulation of particular sets of genes, which can serve as a model for coordinated epigenetic regulation of gene expression under hypoxia.
논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2017년 08월 (BRIC 등록일 2017-08-28)
- 연구진: 국내연구진태극기
- 분야: Genetics, Bioinformatics
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