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김상태
김상태 (Sangtae Kim) 저자 이메일 보기
University of California San Diego, 현 Illumina Inc.
 
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Spectral Probabilities and Generating Functions of Tandem Mass Spectra: A Strike against Decoy Databases
열기 Authors and Affiliations

Abstract

A key problem in computational proteomics is distinguishing between correct and false peptide identifications. We argue that evaluating the error rates of peptide identifications is not unlike computing generating functions in combinatorics. We show that the generating functions and their derivatives (spectral energy and spectral probability) represent new features of tandem mass spectra that, similarly to Δ-scores, significantly improve peptide identifications. Furthermore, the spectral probability provides a rigorous solution to the problem of computing statistical significance of spectral identifications. The spectral energy/probability approach improves the sensitivity-specificity tradeoff of existing MS/MS search tools, addresses the notoriously difficult problem of “one-hit-wonders” in mass spectrometry, and often eliminates the need for decoy database searches. We therefore argue that the generating function approach has the potential to increase the number of peptide identifications in MS/MS searches.

Keywords: decoy database; false discovery rate; Peptide identification; Spectral probability

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2008년 07월 (BRIC 등록일 2017-08-22)
- 연구진: 국외연구진
- 분야: Proteomics
- 피인용횟수: 120회 이상 인용된 논문
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