[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보 회원가입   로그인
BRIC홈 한국을 빛내는 사람들
Cyagen
배너광고안내
이전
다음
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
실험실 새내기를 위한 안전교육
전체보기 추천논문 상위피인용논문 인터뷰 그이후 한빛사통계
박정빈
박정빈 (Jeongbin Park) 저자 이메일 보기
German Cancer Research Center
저자CV 보기
376 KB
  CV updated 2018-04-10 18:28
  인터뷰보기 
조회 2253  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
[Correspondence]Digenome-seq web tool for profiling CRISPR specificity
열기 Authors and Affiliations

Abstract

To the Editor:
We recently reported Digenome-seq (digested genome sequencing), a method for in vitro identification of potential off-target sites, and we evaluated the specificity of CRISPR–Cas9 (refs. 1,2) and CRISPR–Cpf1 (ref. 3) endonuclease by whole-genome sequencing. Digenome-seq pinpoints the exact location of double-strand break (DSB) sites by recognizing specific patterns of aligned reads. However, the analysis pipeline presented in our previous report required extensive manual interaction and produced several large intermediate files, resulting in a long running time. Here, we present a redesigned analysis tool for Digenome-seq data that runs on web browsers. The core algorithm of the tool is written in C++ and compiled to asm.js (http://asmjs.org/), a preoptimized subset of JavaScript. Users can instantly perform the complete analysis in an ordinary web browser (Supplementary Note 1) with fast execution speed without uploading any data to a server and without local tool installation. In our benchmark, the full analysis for 100 GB of BAM file took 3 h for whole analysis on Intel i5 3570k central processing unit in a single thread.

논문정보
- 형식: Correspondence
- 게재일: 2017년 05월 (BRIC 등록일 2017-05-31)
- 연구진: 국내(교신)+국외 연구진태극기
- 분야: Genetics, Biotechnology
관련 인터뷰
1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드 CRISPR-Cas 시스템을 이용한 유전체 교정 (genome editing) 기술은 2012년 처음 CRISPR-Cas9을 이용한 유전체 교정이 가능하다는 보고가 나온 이래로 불과 5년 사이 눈부신 발전을 거듭해 왔습니다. 이러한 CRISPR-Cas nuclease 들은 1) target cleavage site를 guide RNA-DNA hybridization을 통해 찾아내기...
관련 보도자료
유전자가위 정확도 분석 웹 프로그램 개발
유전자가위 정확도 분석 웹 프로그램 개발    Bio통신원  |  2017.05.31
한양대 배상수(사진, 왼쪽) 화학과 교수팀은 IBS 김진수 유전체 교정 연구단장(사진, 가운데)과 공동연구를 통해 크리스퍼 유전자가위의 정확도를 측정할 수 있는 웹 기반 프로그램을 개발했다. 이 웹 프로그램을 이용하...
감각을 통증으로 바꾸고 만성화시키는 뇌의 항상성 오작동 [Curr. Biol.]
정지훈
발표: 정지훈 (경희대학교 한의과대학)
일자: 2021년 3월 10일 (수) 오후 03시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기
심경색에 따른 심장의 영양소 이용 변화의 정량분석 [Science]
장철순
발표: 장철순 (University of California...)
일자: 2021년 3월 12일 (금) 오전 11시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기
PRR11의 PI3K경로 활성화를 통한 항에스트로겐 내성 부여 기전 규명 [Nat. Commun.]
이경민
발표: 이경민 (University of Texas Sout...)
일자: 2021년 3월 17일 (수) 오후 02시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기
차세대 디지털 정보 저장 장치로써의 DNA와 효소를 이용한 염기서열의 광학적 병렬 합성법 [Nat. Commun.]
이호원
발표: 이호원 (Wyss Institute for Biolo...)
일자: 2021년 3월 18일 (목) 오전 10시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기
수리 모델을 이용한 불안정한 수면 사이클 원인 규명 [Proc. Natl. Acad. Sci. USA]
김대욱
발표: 김대욱 (KAIST)
일자: 2021년 3월 22일 (월) 오전 10시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기

  댓글 0
등록
 
목록
관련링크
박정빈 님 전체논문보기 >
관련인물
관련분야 논문보기
Genetics

Biotechnology

외부링크
Google (by Jeongbin Park)
Pubmed (by Jeongbin Park)
프리미엄 Bio일정 Bio일정 프리미엄 안내
[nanoString Webinar] 대용량 유전자 발현 정량시스템을 이용한 miRNA assay, nCounter System 소개
대구경북과학기술원(DGIST) 뇌·인지과학전공 온라인 전공설명회 개최
대구경북과학기술원(DGIST) 뇌·인지과학전공 온라인 전공설명회 개최
날짜: 2021.03.05
장소: 온라인 링크를 통한 접속
★전액무료★ 바이오분야 재직자 직무능력 향상교육 [3월] 개강 과정 교육생 모집
★전액무료★ 바이오분야 재직자 직무능력 향상교육 [3월] 개강 과정 교육생 모집
날짜: 2021.03.01~31
장소: 충북 청주시 흥덕구 오송생명1로 194-41
2021 서경배과학재단 신진과학자 연구지원 프로그램
2021 서경배과학재단 신진과학자 연구지원 프로그램
날짜: 2021.03.31
주관: 서경배과학재단
위로가기
한빛사 홈  |  한빛사FAQ  |  한빛사 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
머크 광고