[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 회원가입   로그인
BRIC홈 한국을 빛내는 사람들
라이카써머캠프
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
과학으로 본 코로나19 (COVID-19)
전체보기 추천논문 상위피인용논문 인터뷰 그이후 한빛사통계
배상수
배상수 (Sangsu Bae) 저자 이메일 보기
한양대학교
저자CV 보기
189 KB
 
조회 1136  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
[Correspondence]Digenome-seq web tool for profiling CRISPR specificity
열기 Authors and Affiliations

Abstract

To the Editor:
We recently reported Digenome-seq (digested genome sequencing), a method for in vitro identification of potential off-target sites, and we evaluated the specificity of CRISPR–Cas9 (refs. 1,2) and CRISPR–Cpf1 (ref. 3) endonuclease by whole-genome sequencing. Digenome-seq pinpoints the exact location of double-strand break (DSB) sites by recognizing specific patterns of aligned reads. However, the analysis pipeline presented in our previous report required extensive manual interaction and produced several large intermediate files, resulting in a long running time. Here, we present a redesigned analysis tool for Digenome-seq data that runs on web browsers. The core algorithm of the tool is written in C++ and compiled to asm.js (http://asmjs.org/), a preoptimized subset of JavaScript. Users can instantly perform the complete analysis in an ordinary web browser (Supplementary Note 1) with fast execution speed without uploading any data to a server and without local tool installation. In our benchmark, the full analysis for 100 GB of BAM file took 3 h for whole analysis on Intel i5 3570k central processing unit in a single thread.

논문정보
- 형식: Correspondence
- 게재일: 2017년 05월 (BRIC 등록일 2017-05-31)
- 연구진: 국내(교신)+국외 연구진태극기
- 분야: Genetics, Biotechnology
관련 보도자료
유전자가위 정확도 분석 웹 프로그램 개발
유전자가위 정확도 분석 웹 프로그램 개발    Bio통신원  |  2017.05.31
한양대 배상수(사진, 왼쪽) 화학과 교수팀은 IBS 김진수 유전체 교정 연구단장(사진, 가운데)과 공동연구를 통해 크리스퍼 유전자가위의 정확도를 측정할 수 있는 웹 기반 프로그램을 개발했다. 이 웹 프로그램을 이용하...
광유전학의 과거, 현재와 미래[Neuron]
김윤석
발표: 김윤석 (Stanford University)
일자: 2020년 7월 30일 (목) 오후 02시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기

  댓글 0
등록
 
목록
울산대학교 의과대학
관련링크
배상수 님 전체논문보기 >
관련인물
관련분야 논문보기
Genetics

Biotechnology

외부링크
Google (by Sangsu Bae)
Pubmed (by Sangsu Bae)
제품평가
[비아이코퍼레이션]
e브릭몰(연구용 제품 온라인 구매 사이트)
제품이미지
모집인원: 50명
모집기간: ~7/15
신청조건: BRIC 회원
평가자 혜택

- 참가자 전원 3만원 상품권 제공

제품평가자 모집중
프리미엄 Bio일정 Bio일정 프리미엄 안내
[BRIC Webinar]3차원 이미징의 최적 솔루션, THUNDER Computational Clearing 기술 소개[Leica Microsystems]
[BRIC Webinar]연구 속도를 높일 수 있는 공초점 플랫폼 STELLARIS 기술 소개[Leica Microsystems]
위로가기
한빛사 홈  |  한빛사FAQ  |  한빛사 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
머크