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김빛내리
김빛내리 (V. Narry Kim) 저자 이메일 보기
서울대학교, 기초과학연구원
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Genome-wide Mapping of DROSHA Cleavage Sites on Primary MicroRNAs and Noncanonical Substrates
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Abstract
MicroRNA (miRNA) maturation is initiated by DROSHA, a double-stranded RNA (dsRNA)-specific RNase III enzyme. By cleaving primary miRNAs (pri-miRNAs) at specific positions, DROSHA serves as a main determinant of miRNA sequences and a highly selective gatekeeper for the canonical miRNA pathway. However, the sites of DROSHA-mediated processing have not been annotated, and it remains unclear to what extent DROSHA functions outside the miRNA pathway. Here, we establish a protocol termed “formaldehyde crosslinking, immunoprecipitation, and sequencing (fCLIP-seq),” which allows identification of DROSHA cleavage sites at single-nucleotide resolution. fCLIP identifies numerous processing sites, suggesting widespread end modifications during miRNA maturation. fCLIP also finds many pri-miRNAs that undergo alternative processing, yielding multiple miRNA isoforms. Moreover, we discovered dozens of DROSHA substrates on non-miRNA loci, which may serve as cis-elements for DROSHA-mediated gene regulation. We anticipate that fCLIP-seq could be a general tool for investigating interactions between dsRNA-binding proteins and structured RNAs.

Keywords:
DROSHA, DGCR8, microprocessor, microRNA, pri-miRNA, formaldehyde crosslinking, RNA, sequencing, CLIP-seq
논문정보
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2017년 선정
- 형식: Research article
- 게재일: 2017년 04월 (BRIC 등록일 2017-04-21)
- 연구진: 국내연구진태극기
- 분야: Cell_Biology, Biochemistry, Molecular_Biology
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