[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 sale 회원가입   로그인
BRIC홈 한국을 빛내는 사람들
검색광고안내
랩노트
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
과학으로 본 코로나19 (COVID-19)
전체보기 추천논문 상위피인용논문 인터뷰 그이후 한빛사통계
김상희
김상희 (Sanghee Kim) 저자 이메일 보기
극지연구소
저자CV 보기
118 KB
 
조회 1795  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
The genome of the Antarctic-endemic copepod, Tigriopus kingsejongensis

Seunghyun Kang, Do-Hwan Ahn, Jun Hyuck Lee1,2, Sung Gu Lee1,2, Seung Chul Shin1, Jungeun Lee1, Gi-Sik Min3, Hyoungseok Lee1, Hyun-Woo Kim4*, Sanghee Kim5* & Hyun Park1,2*

1
Unit of Polar Genomics, Korea Polar Research Institute, Yeonsu-gu, Incheon, South Korea
2Polar Sciences, University of Science & Technology, Yuseong-gu, Daejeon, South Korea
3Department of Biological Sciences, Inha University, Incheon, South Korea
4Department of Marine Biology, Pukyong National University, Busan, South Korea
5Division of Polar Life Sciences, Korea Polar Research Institute, Yeonsu-gu, Incheon, South Korea
These authors contributed equally to this work.

*Corresponding authors : Hyun-Woo Kim, Sanghee Kim, Hyun Park

Abstract
Background: The Antarctic intertidal zone is continuously subjected to extremely fluctuating biotic and abiotic stressors. The West Antarctic Peninsula is the most rapidly warming region on Earth. Organisms living in Antarctic intertidal pools are therefore interesting for research into evolutionary adaptation to extreme environments and the effects of climate change.

Findings: We report the whole genome sequence of the Antarctic-endemic harpacticoid copepod Tigriopus kingsejongensi. The 37 Gb raw DNA sequence was generated using the Illumina Miseq platform. Libraries were prepared with 65-fold coverage and a total length of 295 Mb. The final assembly consists of 48 368 contigs with an N50 contig length of 17.5 kb, and 27 823 scaffolds with an N50 contig length of 159.2 kb. A total of 12 772 coding genes were inferred using the MAKER annotation pipeline. Comparative genome analysis revealed that T. kingsejongensis-specific genes are enriched in transport and metabolism processes. Furthermore, rapidly evolving genes related to energy metabolism showed positive selection signatures.

Conclusions: The T. kingsejongensis genome provides an interesting example of an evolutionary strategy for Antarctic cold adaptation, and offers new genetic insights into Antarctic intertidal biota.

Keywords: Copepoda, Genome, Antarctic, Adaptation, Tigriopus

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2017년 01월 (BRIC 등록일 2017-01-16)
- 연구진: 국내연구진태극기
- 분야: Genomics, Marine_Biology
관련 보도자료
지구온난화 위협에 내몰린 남극 생물은 어떻게 진화했을까
국내 연구진이 남극에만 서식하는 생물이 이상 기후가 잦은 환경에서 적응해 살아남기 위해 어떻게 진화했는지 밝혀냈다. ‘남극 요각류(Tigriopus kingsejongensis·티그리오푸스 킹세종엔시스)’의 게놈을...
Dot/Icm 제 4 유형 커플링 단백질 복합체의 선택적 이펙터 단백질 인식[Nat. Commun.]
김현민
발표: 김현민 (KAIST)
일자: 2020년 9월 29일 (화) 오후 02시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기

  댓글 0
등록
 
목록
이화여대 제약산업학과
관련링크
김상희 님 전체논문보기 >
관련인물
관련분야 논문보기
Genomics

Marine_Biology

외부링크
Google (by Sanghee Kim)
Pubmed (by Sanghee Kim)
프리미엄 Bio일정 Bio일정 프리미엄 안내
대구경북과학기술원 (DGIST) 뇌·인지과학전공 온라인 전공설명회 개최
위로가기
한빛사 홈  |  한빛사FAQ  |  한빛사 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
에펜도르프코리아 광고