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김진수
김진수 (Jin-Soo Kim) 저자 이메일 보기
서울대학교
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Cas-OFFinder: A fast and versatile algorithm that searches for potential off-target sites of Cas9 RNA-guided endonucleases

Sangsu Bae1,2,4,*, Jeongbin Park3,4 and Jin-Soo Kim1,2,*

1National Creative Research Initiatives Center for Genome Engineering, 2Department of Chemistry, Seoul National University, Seoul, South Korea, 3Department of Physics and Astronomy, Seoul National University, Seoul, South Korea

*To whom correspondence should be addressed. Sangsu BAE, Jin-Soo Kim

Abstract
Summary: The Type II CRISPR/Cas system is an adaptive immune response in prokaryotes, protecting host cells against invading phages or plasmids by cleaving these foreign DNA species in a targeted manner. CRISPR/Cas-derived RNA-guided engineered nucleases (RGENs) enable genome editing in cultured cells, animals and plants but are limited by off-target mutations. Here we present a novel algorithm termed Cas-OFFinder that searches for potential off-target sites in a given genome or user-defined sequences. Unlike other algorithms currently available for identification of RGEN off-target sites, Cas-OFFinder is not limited by the number of mismatches and allows variations in protospacer-adjacent motif (PAM) sequences recognized by Cas9, the essential protein component in RGENs. Cas-OFFinder is available as a command-line program or accessible via our website.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2014년 01월 (BRIC 등록일 2016-06-02)
- 연구진: 국내연구진태극기
- 분야: Bioinformatics
- 피인용횟수: 최근 3년간 60회 이상 인용된 논문
광유전학의 과거, 현재와 미래[Neuron]
김윤석
발표: 김윤석 (Stanford University)
일자: 2020년 7월 30일 (목) 오후 02시 (한국시간)
언어: 한국어
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