[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 회원가입   로그인
BRIC홈 한국을 빛내는 사람들
2019 Bio Top5 인터뷰
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2
전체보기 한빛사논문 추천논문 인터뷰 그이후 한빛사통계
김민철
김민철 (Mincheol Kim) 저자 이메일 보기
서울대학교, 현 극지연구소
 
조회 1556  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
Towards a taxonomic coherence between average nucleotide identity and 16S rRNA gene sequence similarity for species demarcation of prokaryotes

Mincheol Kim1, Hyun-Seok Oh2, Sang-Cheol Park2, Jongsik Chun1,2,*

1 School of Biological Sciences, Seoul National University, Seoul 151-742, Republic of Korea
2 Interdisciplinary Program in Bioinformatics and Bioinformatics Institute, Seoul National University, Seoul 151-742, Republic of Korea

*Correspondence Jongsik Chun

Abstract
Among available genome relatedness indices, average nucleotide identity (ANI) is one of the most robust measurements of genomic relatedness between strains, and has great potential in the taxonomy of bacteria and archaea as a substitute for the labour-intensive DNA-DNA hybridization (DDH) technique. An ANI threshold range (95-96%) for species demarcation had previously been suggested based on comparative investigation between DDH and ANI values, albeit with rather limited datasets. Furthermore, its generality was not tested on all lineages of prokaryotes. Here, we investigated the overall distribution of ANI values generated by pairwise comparison of 6787 genomes of prokaryotes belonging to 22 phyla to see whether the suggested range can be applied to all species. There was an apparent distinction in the overall ANI distribution between intra- and interspecies relationships at around 95?96?% ANI. We went on to determine which level of 16S rRNA gene sequence similarity corresponds to the currently accepted ANI threshold for species demarcation using over one million comparisons. A twofold cross-validation statistical test revealed that 98.65?% 16S rRNA gene sequence similarity can be used as the threshold for differentiating two species, which is consistent with previous suggestions (98.2?99.0?%) derived from comparative studies between DDH and 16S rRNA gene sequence similarity. Our findings should be useful in accelerating the use of genomic sequence data in the taxonomy of bacteria and archaea.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2014년 02월 (BRIC 등록일 2015-12-11)
- 연구진: 국내연구진태극기
- 분야: Evolution, Microbiology, Systems Biology
- 피인용횟수: 최근 3년간 60회 이상 인용된 논문
경제적 의사결정의 개별과정을 동질한 성격의 뉴런으로 구현하기[Neuron]
유승범
발표: 유승범 (University of Minnesota)
일자: 2020년 1월 29일 (수) 오전 10시 (한국시간)
언어: 영어
참석자 접수신청하기
유전자 편집 기술을 활용한 도시농업 적합 작물 개발[Nat. Biotechnol.]
권춘탁
발표: 권춘탁 (Cold Spring Harbor Labor...)
일자: 2020년 2월 19일 (수) 오전 11시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기
동물의 육감: 자기감각(Magnetic Sense) [PNAS]
채권석
발표: 채권석 (경북대학교)
일자: 2020년 2월 6일 (목) 오후 02시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기
영장류의 실시간 미래 예측과 신경적 기작[Nat. Neurosci.]
유승범
발표: 유승범 (University of Minnesota)
일자: 2020년 2월 12일 (수) 오전 10시 (한국시간)
언어: 영어
참석자 접수신청하기

  댓글 0
등록
 
목록
데일리파트너스
관련링크
김민철 님 전체논문보기 >
관련인물
천종식 (서울대학교)
관련분야 논문보기
Evolution

Microbiology

Biochemistry

외부링크
Google (by Mincheol Kim)
Pubmed (by Mincheol Kim)
프리미엄 Bio일정 Bio일정 프리미엄 안내
[BRIC Webinar]동물의 육감: 자기감각(Magnetic Sense) [PNAS]
[BRIC Webinar]동물의 육감: 자기감각(Magnetic Sense) [PNAS]
사전접수: ~2020.02.05
날짜: 2020.02.06
Online 개최
2020 서경배과학재단 신진과학자 연구지원 프로그램
2020 서경배과학재단 신진과학자 연구지원 프로그램
날짜: 2020.03.31
주관: 서경배과학재단
[무료/ 취업연계]바이오QC 실무과정 8기 모집
[무료/ 취업연계]바이오QC 실무과정 8기 모집
사전접수: ~2020.02.10
날짜: 2020.03.02~06.12
장소: 성남시 분당구 황새울로
위로가기
한빛사 홈  |  한빛사FAQ  |  한빛사 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS