[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 회원가입   로그인
BRIC홈 한국을 빛내는 사람들
웨비나 모집
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2
전체보기 한빛사논문 추천논문 인터뷰 그이후 한빛사통계
김민석
김민석 (Minseok Kim) 저자 이메일 보기
The Ohio State University, 현 전남대학교
 
조회 2774  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
Status of the phylogenetic diversity census of ruminal microbiomes
Minseok Kim1, Mark Morrison1,2 & Zhongtang Yu1

1Department of Animal Sciences, The Ohio State University, Columbus, OH, USA; and 2CSIRO Livestock Industries, St Lucia, Qld, Australia

Correspondence: Zhongtang Yu, Department of Animal Sciences, The Ohio State University, 2029 Fyffe Road, Columbus,OH 43210, USA.

In this study, the collective microbial diversity in the rumen was examined by performing a meta-analysis of all the curated 16S rRNA gene (rrn) sequences deposited in the RDP database. As of November 2010, 13 478 bacterial and 3516 archaeal rrn sequences were found. The bacterial sequences were assigned to 5271 operation taxonomic units (OTUs) at species level (0.03 phylogenetic distance) representing 19 existing phyla, of which the Firmicutes (2958 OTUs), Bacteroidetes (1610 OTUs) and Proteobacteria (226 OTUs) were the most predominant. These bacterial sequences were grouped into more than 3500 OTUs at genus level (0.05 distance), but only 180 existing genera were represented. Nearly all the archaeal sequences were assigned to 943 species-level OTUs in phylum Euryarchaeota. Although clustered into 670 genus-level OTUs, only 12 existing archaeal genera were represented. Based on rarefaction analysis, the current percent coverage at species level reached 71% for bacteria and 65% for archaea. At least 78 218 bacterial and 24 480 archaeal sequences would be needed to reach 99.9% coverage. The results of this study may serve as a framework to assess the significance of individual populations to rumen functions and to guide future studies to identify the alpha and global diversity of ruminal microbiomes.

Keywords : 16S rRNA gene, rrn, OTUs, rarefaction analysis, ruminal microbiomes

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2011년 04월 (BRIC 등록일 2015-06-05)
- 연구진: 국외연구진
- 분야: Microbiology, Ecology
- 피인용횟수: 최근 3년간 60회 이상 인용된 논문
알츠하이머병에서 나타나는 미세아교세포의 대사재편성 손상과 대사촉진을 통한 세포기능의 재활성[Cell Metab.]
백성훈
발표: 백성훈 (School of Medicine UCLA)
일자: 2019년 8월 23일 (금) 오후 02시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기
LADL : 빛을 이용한 3차원 유전체 (3D genome) 구조와 유전자 발현의 조절[Nat. Methods]
김지훈
발표: 김지훈 (University of Pennsylvan...)
일자: 2019년 8월 30일 (금) 오전 10시 (한국시간)
언어:
참석자 접수신청하기
Cockayne syndrome B의 결핍으로 인한 크로마틴 리모델링에 따른 노화촉진 모델 연구[Nucleic Acids Res.]
이종혁
발표: 이종혁 (National Institutes of H...)
일자: 2019년 9월 6일 (금) 오전 11시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기

  댓글 0
등록
 
비아이코퍼레이션
관련링크
김민석 님 전체논문보기 >
관련분야 논문보기
Microbiology

Ecology

외부링크
Google (by Minseok Kim)
Pubmed (by Minseok Kim)
프리미엄 Bio일정 Bio일정 프리미엄 안내
[대한골대사학회] 2020년 제4차 Young Leaders Camp 안내
[대한골대사학회] 2020년 제4차 Young Leaders Camp 안내
초록접수: ~2019.10.11
사전접수: ~2019.11.01
날짜: 2020.01.09~11
장소: 곤지암리조트
[8.27~8.28 재직자 무료교육] 분석기기(HPLC) 활용 품질검사 실무 교육
[8.27~8.28 재직자 무료교육] 분석기기(HPLC) 활용 품질검사 실무 교육
날짜: 2019.08.27~28
장소: 충청북도 청주시 흥덕구 오송생명1로 194-41 (사)충북산학융합본부
[BRIC Webinar]알츠하이머병에서 나타나는 미세아교세포의 대사재편성 손상과 대사촉진을 통한 세포기능의 재활성[Cell Metab.]
2019 Osong BioExcellence & BioSymposium
2019 Osong BioExcellence & BioSymposium
사전접수: ~2019.08.31
날짜: 2019.09.03~04
장소: 오송
2019 부산대학교 의학전문대학원 의과학과 Open Lab
2019 부산대학교 의학전문대학원 의과학과 Open Lab
사전접수: ~2019.08.20
날짜: 2019.08.29
장소: 부산대학교 의학전문대학원(양산캠퍼스) 통합행정동 116호
생물정보 빅데이터 분석 UCC 공모전
생물정보 빅데이터 분석 UCC 공모전
날짜: 2019.08.22
주관: K-Genome 유전체빅데..
위로가기
한빛사 홈  |  한빛사FAQ  |  한빛사 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS