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남진우
남진우 (Jin-Wu Nam) 저자 이메일 보기
한양대학교, Whitehead Institute for Biomedical Research, Howard Hughes Medical Institute, MIT
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231 KB
  CV updated 2021-12-10 11:48
 
조회 3296  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
Global Analyses of the Effect of Different Cellular Contexts on MicroRNA Targeting
열기 Authors and Affiliations

Abstract

MicroRNA (miRNA) regulation clearly impacts animal development, but the extent to which development-with its resulting diversity of cellular contexts-impacts miRNA regulation is unclear. Here, we compared cohorts of genes repressed by the same miRNAs in different cell lines and tissues and found that target repertoires were largely unaffected, with secondary effects explaining most of the differential responses detected. Outliers resulting from differential direct targeting were often attributable to alternative 3′ UTR isoform usage that modulated the presence of miRNA sites. More inclusive examination of alternative 3′ UTR isoforms revealed that they influence ∼10% of predicted targets when comparing any two cell types. Indeed, considering alternative 3′ UTR isoform usage improved prediction of targeting efficacy significantly beyond the improvements observed when considering constitutive isoform usage. Thus, although miRNA targeting is remarkably consistent in different cell types, considering the 3′ UTR landscape helps predict targeting efficacy and explain differential regulation that is observed.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2014년 03월 (BRIC 등록일 2014-03-14)
- 연구진: 국내+국외 연구진
- 분야: Bioinformatics, Genomics, Systems Biology
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  댓글 1
회원작성글 좀잘하자  (2014-09-29 15:17)
축하드립니다~
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