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남진우
남진우 (Jin-Wu Nam) 저자 이메일 보기
한양대학교, Whitehead Institute for Biomedical Research, Howard Hughes Medical Institute, MIT
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182 KB
 
조회 2665  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
Global Analyses of the Effect of Different Cellular Contexts on MicroRNA Targeting
열기 Authors and Affiliations

Abstract

MicroRNA (miRNA) regulation clearly impacts animal development, but the extent to which development-with its resulting diversity of cellular contexts-impacts miRNA regulation is unclear. Here, we compared cohorts of genes repressed by the same miRNAs in different cell lines and tissues and found that target repertoires were largely unaffected, with secondary effects explaining most of the differential responses detected. Outliers resulting from differential direct targeting were often attributable to alternative 3′ UTR isoform usage that modulated the presence of miRNA sites. More inclusive examination of alternative 3′ UTR isoforms revealed that they influence ∼10% of predicted targets when comparing any two cell types. Indeed, considering alternative 3′ UTR isoform usage improved prediction of targeting efficacy significantly beyond the improvements observed when considering constitutive isoform usage. Thus, although miRNA targeting is remarkably consistent in different cell types, considering the 3′ UTR landscape helps predict targeting efficacy and explain differential regulation that is observed.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2014년 03월 (BRIC 등록일 2020-05-14)
- 연구진: 국내+국외 연구진
- 분야: Bioinformatics, Genomics, Systems Biology
- 피인용횟수: 120회 이상 인용된 논문
광유전학의 과거, 현재와 미래[Neuron]
김윤석
발표: 김윤석 (Stanford University)
일자: 2020년 7월 30일 (목) 오후 02시 (한국시간)
언어: 한국어
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  댓글 1
회원작성글 좀잘하자  (2014-09-29 15:17)
축하드립니다~
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