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이승연
이승연 (Seung Yon Rhee) 저자 이메일 보기
Carnegie Institution for Science
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Towards revealing the functions of all genes in plants

Seung Yon Rhee1 and Marek Mutwil2

1 Carnegie Institution for Science, Department of Plant Biology, 260 Panama St, Stanford, CA 94305, USA
2 Max Planck Institute for Molecular Plant Physiology, 14476 Potsdam, Germany

Corresponding authors: Seung Yon Rhee, Marek Mutwil

Summary
The great recent progress made in identifying the molecular parts lists of organisms revealed the paucity of our understanding of what most of the parts do. In this review, we introduce computational and statistical approaches and omics data used for inferring gene function in plants, with an emphasis on network-based inference. We also discuss caveats associated with network-based function predictions such as performance assessment, annotation propagation, the guilt-by-association concept, and the meaning of hubs. Finally, we note the current limitations and possible future directions such as the need for gold standard data from several species, unified access to data and tools, quantitative comparison of data and tool quality, and high-throughput experimental validation platforms for systematic gene function elucidation in plants.

Keywords : function prediction; omics; big data; networks; co-expression; co-function

논문정보
- 형식: Review Paper
- 게재일: 2013년 11월 (BRIC 등록일 2013-11-14)
- 연구진: 국외연구진
- 분야: Plant Science
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