[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 sale 회원가입   로그인
BRIC홈 한국을 빛내는 사람들
에이프런티어
배너광고안내
이전
다음
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
과학으로 본 코로나19 (COVID-19)
전체보기 추천논문 상위피인용논문 인터뷰 그이후 한빛사통계
김상우
김상우 (Sangwoo Kim) 저자 이메일 보기
University of California, San Diego
저자CV 보기
415 KB
  CV updated 2020-07-20 11:29
 
조회 5409  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
Virmid: accurate detection of somatic mutations with sample impurity inference

Sangwoo Kim1,7,*, Kyowon Jeong 2,7 , Kunal Bhutani1, Jeong Ho Lee3,6, Anand Patel1, Eric Scott3, Hojung Nam4, Hayan Lee5, Joseph G Gleeson3 and Vineet Bafna1*

1Department of Computer Science and Engineering, University of California at San Diego, 9500 Gilman Drive, La Jolla, CA 92093, USA
2Department of Electrical and Computer Engineering, University of California at San Diego, 9500 Gilman Drive, La Jolla, CA 92093, USA
3Institute for Genomic Medicine, Rady Children's Hospital, University of California at San Diego, 9500 Gilman Drive, La Jolla, CA 92093, USA
4School of Information and Communications, Gwangju Institute of Science and Technology, 123 Cheomdangwagi-ro, Buk-gu, Gwangju, 500-712, Republic of Korea
5Department of Computer Science, Stony Brook University, 100 Nicolls Road, NY 11794, USA
6Graduate School of Medical Science and Engineering, KAIST, 291 Daehak-ro, Yuseong-gu, Daejeon 305-701, Republic of Korea
7These authors contributed equally to this work

* Corresponding author

Abstract (provisional)
Detection of somatic variation using sequence from disease-control matched datasets is a critical first step. In many cases, including cancer, however, it is hard to isolate pure disease tissue, and the impurity hinders accurate mutation analysis by disrupting overall allele frequencies. Here, we propose a new method, Virmid, that explicitly determines the level of impurity in the sample, and uses it for improved detection of somatic variation. Extensive tests on simulated and real sequencing data from breast cancer and hemimegalencephaly demonstrate the power of our model. A software implementation of our method is available at http://sourceforge.net/projects/virmid/.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2013년 08월 (BRIC 등록일 2013-09-03)
- 연구진: 국내+국외 연구진
- 분야: Bioinformatics, Genomics, Medicine
H3K27M을 지닌 소아뇌종양에서 신진대사와 후성유전학의 관계 [Cancer Cell]
정찬
발표: 정찬 (University of Michigan)
일자: 2021년 2월 4일 (목) 오전 11시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기
약물유전단백체학을 활용한 교모세포종 (Glioblastoma) 연구 [Nat. Commun.]
오세진
발표: 오세진 (연세대학교 의과대학)
일자: 2021년 2월 16일 (화) 오후 02시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기
스무색 만으로 완성하지 못하는 단백질 디자인 [Nat. Commun.]
이준구
발표: 이준구 (Northwestern University)
일자: 2021년 2월 17일 (수) 오전 10시 (한국시간)
언어: 한국어
참석자 접수신청하기

  댓글 0
등록
 
목록
관련링크
김상우 님 전체논문보기 >
관련인물
관련분야 논문보기
Bioinformatics

Genomics

Biochemistry

외부링크
Google (by Sangwoo Kim)
Pubmed (by Sangwoo Kim)
프리미엄 Bio일정 Bio일정 프리미엄 안내
[웨비나]Spatial Genomic 연구: nanoString GeoMx DSP Webex에 초대합니다.
2021 써모피셔 사이언티픽 UCC 콘테스트
2021 써모피셔 사이언티픽 UCC 콘테스트
날짜: 2021.02.28
주관: 써모피셔 사이언티픽 코리아..
위로가기
한빛사 홈  |  한빛사FAQ  |  한빛사 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
에펜도르프코리아 광고