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[우당탕탕 석사 적응기] 석사 1학기 - 새로운 환경, 그리고 후회
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조규봉
조규봉 (Kyubong Jo) 저자 이메일 보기
University of Wisconsin-Madison, 현 서강대학교
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214 KB
  CV updated 2018-06-26 15:43
 
조회 4503  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
A single-molecule barcoding system using nanoslits for DNA analysis
( DNA labeling | genomics | nanofabrication | polymer confinement )

Kyubong Jo *{dagger}, Dalia M. Dhingra *{dagger}, Theo Odijk {ddagger}, Juan J. de Pablo {sect}, Michael D. Graham {sect}, Rod Runnheim *{dagger}, Dan Forrest *{dagger}, and David C. Schwartz *{dagger}

*Laboratory for Molecular and Computational Genomics, Laboratory of Genetics, and Biotechnology Center, University of Wisconsin, 425 Henry Mall, Madison, WI 53706; {dagger}Department of Chemistry, University of Wisconsin, 1101 University Avenue, Madison, WI 53706; {ddagger}Complex Fluids Theory, Faculty of Applied Sciences, Delft University of Technology, Julianalaan 67, 2628 BC Delft, The Netherlands; and {sect}Department of Chemical and Biological Engineering, University of Wisconsin, 1415 Engineering Drive, Madison, WI 53706

Communicated by David E. Housman, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA, December 14, 2006 (received for review November 12, 2006)

Molecular confinement offers new routes for arraying large DNA molecules, enabling single-molecule schemes aimed at the acquisition of sequence information. Such schemes can rapidly advance to become platforms capable of genome analysis if elements of a nascent system can be integrated at an early stage of development. Integrated strategies are needed for surmounting the stringent experimental requirements of nanoscale devices regarding fabrication, sample loading, biochemical labeling, and detection. We demonstrate that disposable devices featuring both micro- and nanoscale features can greatly elongate DNA molecules when buffer conditions are controlled to alter DNA stiffness. Furthermore, we present analytical calculations that describe this elongation. We also developed a complementary enzymatic labeling scheme that tags specific sequences on elongated molecules within described nanoslit devices that are imaged via fluorescence resonance energy transfer. Collectively, these developments enable scaleable molecular confinement approaches for genome analysis.


Author contributions: K.J., D.M.D., and D.C.S. designed research; K.J. and D.M.D. performed research; K.J., T.O., R.R., and D.F. contributed new reagents/analytic tools; K.J., D.M.D., T.O., J.J.d.P., M.D.G., and D.C.S. analyzed data; and K.J., D.M.D., T.O., and D.C.S. wrote the paper.

The authors declare no conflict of interest.

To whom correspondence should be sent at the * address.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2007년 02월 (BRIC 등록일 2007-02-14)
- 연구진: 국외연구진
- 분야: Biophysics
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