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남진우
남진우 (Jin-Wu Nam) 저자 이메일 보기
Massachusetts Institute of Technology
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Expanding the MicroRNA Targeting Code: Functional Sites with Centered Pairing

Chanseok Shin,1,2,3,5,6 Jin-Wu Nam,1,2,3,6 Kyle Kai-How Farh,1,2,3,4,6 H. Rosaria Chiang,1,2,3 Alena Shkumatava,1,2,3 and David P. Bartel1,2,3,*

1Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA 02142, USA
2Howard Hughes Medical Institute
3Department of Biology
4Division of Health Sciences and Technology
Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA
5Department of Agricultural Biotechnology, Seoul National University, Seoul, 151-921, Republic of Korea
6These authors contributed equally to this work

*Correspondence

DOI 10.1016/j.molcel.2010.06.005

SUMMARY
Most metazoan microRNA (miRNA) target sites have perfect pairing to the seed region, located near the miRNA 5' end. Although pairing to the 3' region sometimes supplements seed matches or compensates for mismatches, pairing to the central region has been known to function only at rare sites that impart Argonaute-catalyzed mRNA cleavage. Here, we present ‘‘centered sites,’’ a class of miRNA target sites that lack both perfect seed pairing and 3'-compensatory pairing and instead have 11.12 contiguous Watson-Crick pairs to the center of the miRNA. Although centered sites can impart mRNA cleavage in vitro (in elevated Mg2+), in cells they repress protein output without consequential Argonaute-catalyzed cleavage. Our study also identified extensively paired sites that are cleavage substrates in cultured cells and human brain. This expanded repertoire of cleavage targets and the identification of the centered site type help explain why central regions of many miRNAs are evolutionarily conserved.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2010년 06월 (BRIC 등록일 2013-06-30)
- 연구진: 국내+국외 연구진
- 분야: Molecular_Biology
- 피인용횟수: 최근 3년간 60회 이상 인용된 논문
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