Q. Insert(800bp)와 Vector(4.7kb) 두개의 밴드가 뜨기는 하지만

=> 그럼 실제 vector, insert 크기는 어떻게 되나요?

Q. 처음 ligation시에 각각의 밴드 크기가 달라서 그렇다는 것을 알아서

=> 무슨 뜻인지 ?

원래 cloning이 잘 되었나 확인하는 방법으로는 insert내에만 있는 restrction enzyme 과 vector에만 있는 enzyme site를 잘라서 확인을 합니다. vector내에 insert가 없다면 밴드 패턴이 다르겠지요. 물론 말씀하신걸로 보아서는 다른 문제 일 수도 있겠지만....그건 패스

Colony PCR시에 insert를 증폭할 때 사용한 프라이머를 사용하면 정확한 선별이 애매할 때가 있습니다. PCR이 워낙 센시티브 한 지라... 수 ng의 DNA만 contamination되어도.. 결과는 달라집니다.
또한 프라이머가 재수없게 E. coli 서열을 증폭하였는 데 우연히 target size 가 뜰 수도 있구요.
따라서, 많이 사용하는 방법이 insert 양말단에 있는 유용한 vector의 서열을 이용하는 것인 데,
그게 여의치 않으면 그냥 미니프렙하시고, 엔자임 컷 하시게 시간 낭비를 최소화 시키는 것입니다.
결국엔 enzyme cut만이 정답인 지 아닌 지 알려 주기 때문에, 물론 시퀀싱도 한 방법이겠지만요.

제 생각엔 다시 하셔야 할 것 같네요.
또는 insert 서열 내에 SacI이나 EcoRI 서열이 존재할 수도 있습니다. insert가 어디서 유래되었느냐에 따라 다른 얘기겠지만, insert가 native sample로 부터 새로이 클로닝 중인 서열이라든가 .. 또는 이전 cloning시에 sequence determination을 확실히 하지 않고,  지금의 클로닝 단계로 진입하신 거라면, insert sequence내에 restriction end 와 동일한 서열이 존재할 가능성이 높아 보입니다.

원글님께서도 질문에 대한 답을 정확히 얻으시려면 제대로 된 문장법을 구사하여야 하지 않겠습니까? 읽다보면 무슨 말인 지 이해가 안 되니 답을 드리기가 어려울 뿐이네요.