음..
GAPDH는 beta-actin과 함께 가장 많이 사용되는 housekeeping gene중에 하나입니다.
따라서 primer만 제대로 짜여 졌다면 PCR이 안되지는 않을것 같은데..
잘은 모르겠지만 primer에 문제가 있지 않을까요? 아님 PCR reaction mixtuer나 condition에 문제가??
그리고 GAPDH 사이즈는 primer 위치에 따라 다르니 정해진 사이즈는 없습니다.

primer sequence와 target species가 뭔지? 그리고 PCR reaction mixture와 condtion을 좀 메일로 보내주시면 조금이나마 도와드릴수가 있을것 같은데..^^;;

primer design에 한표.... 종간의 차이도 약간 있거든요...한번 확인해 보세요...

첨에 질문한 사람인데요.
토깽이님에게 어떻게 멜을 보내는지 몰라서..
다시 글 남깁니다.

저의랩에 전임자가 없는 관계로..
제가 primer를 stock되것을 사용했습니다
stokc tube 에 쓰인 그대로 적어볼께요.. 도움주세요..

GAPDH(S)
5''- TGCATCCTGCACCACCAACT - 3'' Tm = 58.4 MW=5,981.8 49.7 nmole

GAPDH(A)
5''- CGCCTGCTTCACCACCTTG -3'' Tm = 58.7 MW=5,675.6 56.9 nmole

BIONEER

근데 이상한것은 tube에 쓰여진 S는 20개인데, A는 19 입니다.
그리고 휴먼 cell 입니다



정말 초보라서 몰라서 그런데 이것두 차이가 있을까요?
이 Tm = 58로 PCR을 돌렸습니다.
무슨문제인지..

Sequence가 human GAPDH와 일치하는지 확인하세요.
GAPDH message의 size가 350bp 밖에 안될리가 있나요.
그건 아마 PCR product size를 말씀하시는 것 같은데 PCR product size도 sequence와 같이 확인하시면 됩니다.
primer가 한쪽은 19개이고 한쪽은 20개인것은 아무 문제가 아닙니다.
Tm값만 비슷하다면요.
GAPDH는 발현량이 매우 많은 house keeping gene이므로 이것이 발현안될리는 없습니다.
기본적인 사항들을 미리 공부하시고 실험을 하셔야 할것 같습니다.
아직 PCR의 원리를 숙지 못하신 것 같습니다.

primer 길이는 크게 문제 될게 없습니다.
확인해본결과 primer는 partial로 확인하게끔 디자인되어 있고 human sequence와 각각 하나씩 틀리는것이 확인되었지만
큰 문제는 아닌것 같고, size는 정확하게 349bp입니다.

그런데 다른 primer는 확인이 되었는데 GAPDH는 안된다니 저도 좀 의아합니다.
Tm을 좀 내려서 해보는것도 한가지 방법이지만 크게 달라질 것 같지는 않습니다.

다른 랩에 하신분이 있으면 처음부터 차근히 물어보시는게 빠를듯 합니다.

감사합니다~~
정말 고맙습니다..
정말 몰랐는데...해결은 안된듯하나 도움이 많이 된것같아요~~