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님의 글만 봐서는 님이 어떻게 실험을 진행했는지 전혀 알수가 없네요.
따라서 문제점 찾기가 힘드니 좀더 자세히 글을 올려 주세요..
첫번째로 고려해야하는 사항은 실험적인 과정의 오류입니다.
두번째로 생각해 봐야 하는 문제는 Southern으로 검출할 수 있는 한계내에 있는지입니다.
Dig이던 뭐던 non-isotopic method는 민감도가 낮습니다. 만약 잡고자하는 gDNA fragment의 양이 검출한계 미만이라던가 또는 prove의 상태가 좋지 않다면 결과가 나오지 않을 수도 있습니다.
적절한 control group을 고안하여 실험과정의 문제인지 아니면 내재적 문제인지 반드시 확인을 하고 넘어가야 합니다.