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blast 중 query cover가 제가 생각하는 것과 다르게 나와 질문드립니다
레벨1 sw9712 (대학원생)
안녕하세요 선배님들, 식품미생물학관련 실험실에서 석사과정을 지내고 있는 학생입니다.
제가 현재 phage DNA를 NCBI blastn를 돌려보고 있고 결과 중 query cover 결과에 대해 궁금한 점이 있어 질문을 남겨봅니다
제가 알기로는 query cover 혹은 coverage가 'query 중 결과와 align 된 query 길이의 비율'로 알고 있고 검색을 해봐도 저렇게 나왔습니다
만약 그렇다면 약 47Kbp짜리 query를 blastn을 돌려 결과의 query cover가 100%가 나오면 47Kbp가 모두 align되어야 맞는거 아닌가요?
그런데 query cover 100%/ percent identity 99%이상 나온 결과의 alignment 결과를 보니 37Kbp만 align되어 이상하다고 생각이 되어 질문을 남겨봅니다.ㅠ
감사합니다 선배님들
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