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유전자 정보 중간에 CDS 부분이 있습니다.
클로닝용 primer 제작이니....
CDS에 atg를 넣을지 않넣을지를 먼저 선택하시고
두번째는 증폭하려는 유전자 앞뒤로 어떤 enzyme site를 넣을지를 결정하시고
세번째는 primer의 길이를 어느정도로 할지를 결정하시면 됩니다.
> 서열 종류는 mRNA입니다
> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/XM_008297029.1?report=genbank
> 이거 보고 있습니다
아래 링크에서 스크롤 다운 하셔서 "Genomic regions, transcripts, and products" 섹션을 보시면 해당 mRNA 가 나온 유전자의 유전체 내 구조를 볼 수 있습니다.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/103368615
해당 유전자는 9개 exon 이 유전체 11Kb 에 걸쳐 있습니다. mRNA 에서 꽤 긴 3' UTR 부분은 개별적인 실험적 근거가 있다기보다, 2014년 RNA-seq 결과에 의존해서 예측해낸 것이고 (따라서 mRNA 의 NCBI ID가 "NM_" 이 아니라 "XM_" 으로 시작), NCBI 버젼과 Ensembl 버젼이 일치하지 않고 있으니 조금 신빙성이 떨어지거나, 3' UTR 길이가 다른 isoform 들이 존재할 가능성이 있습니다.
반면 CDS 부분은 여러 종에서 비슷한 서열 (homologs) 이 발견되고, exon/intron junction 도 여러 RNA-seq 실험 결과로 확인된다고 하니 더 믿을 수 있겠지요.
이 유전자의 mRNA 서열과 구조 (3차원 구조를 말하는 것이 아니라, exon/intron, UTR 유무 크기, etc.) 를 검증, 확인하는 목적이 아니라면, 위 댓글 안재진 님께서 말씀하신 대로 CDS 에 집중해서 cloning 하는 편이 좋겠습니다.
CDS 부분만 클로닝한다면 크기가 792 bp 로 그다지 크지 않으니 primer 를 여러 쌍 만들 필요는 없을 듯 합니다.