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질문 DNeasy Plant Mini kit 관련
알잘뽑고싶어요(대학생)  | 2022.12.06 13:10

안녕하십니까. 신참 대학원생입니다. 능숙하지 않다보니 실수가 많은것 같습니다. 때문에 간혹 DNA 농도가 낮거나 ratio가 엉망징창인 경우가 있어 Nano Drop 측량이 항상 무섭습니다...

우선 세가지 궁금한점이 있어요.

- 점액질이 많아 lysis버퍼를 넣고 샘플이 뭉치는 경우에 어떻게 해야 할까요? 잘 풀리게 voltexing, tapping을 해도 될까요? 그 후에 RNase를 넣어도 될까요?

- 프로토콜에는 없지만 마지막 단계에서 AE buffer를 넣기 전에 한번 건조하는 시간이 필요하지 않을까요?

- 프로토콜 상에는 AE buffer 를 100ml 첨가하라고 되어있는데 50ml를 첨가해도 문제가 없을까요?

읽어 주셔서 감사합니다.

#식물
 
#DNA
 
#DNeasy
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
-_-  |  2022.12.06    
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

이런 질문 올라올 때마다 적지만, 잘 모르겠으면 키트 매뉴얼이나 프로토콜대로만 따라해도

중간은 가고, 설령 결과가 이상하더래도 제조사나 공급사랑 이야기해볼 건덕지가 생깁니다.

개구리Marine  |  2022.12.06   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

무턱대고 실험 프로토콜대로만 하면 그 실험 원리에 대해서 배우는게 있을까요?
설령 키트를 가지고 실험을 하더라도, 한번 실험을 해보고 프로토콜에서 이런 점을 바꿔보면 어떨까? 의문을 가지는건 당연한 거라고 생각합니다;;

 

제 경험상 답변을 드리자면,

-  점액질이 많아 lysis버퍼를 넣고 샘플이 뭉치는 경우에 어떻게 해야 할까요? 잘 풀리게 voltexing, tapping을 해도 될까요? 그 후에 RNase를 넣어도 될까요?

상관없습니다 이 단계에서 잘 섞어주셔야 lysis가 잘 되고, 중화가 잘되어 DNA 가 column 에 균일하게 binding 이 잘 될 수 있습니다.
(경우에 따라 pipetting 으로 섞어 주셔도 되는데 이런 경우 gDNA 가 조금 fragmentation 될 수는 있습니다.)

 

- 프로토콜에는 없지만 마지막 단계에서 AE buffer를 넣기 전에 한번 건조하는 시간이 필요하지 않을까요?

말씀하신대로 마지막에 Air-dry 해주시면 잔여 wash buffer 들을 다 날려 보낼 수 있기 때문에 해주시는 것이 좋습니다. 보통 5-10분정도 상온에서 air-dry 하시면 됩니다.

 

- 프로토콜 상에는 AE buffer 를 100ml 첨가하라고 되어있는데 50ml를 첨가해도 문제가 없을까요?

상관 없습니다, 시작 샘플의 양이나 본인 샘플의 상태 등에 따라서 마지막 elution buffer 는 유동적으로 조절 해주시면 됩니다. 하지만 column 을 다 적실정도는 되어야 하기 때문에, 보통 최소 30 으로 elution 하고 경우에 따라서 이 elution 과정을 2번에 나누어 할 수도 있습니다. 

알잘뽑고싶어요  |  2022.12.06   

감사합니다...

아직 배울점이 많습니다.

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