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 전체 > Molecular Biology-RNA > mRNA Analysis
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질문 house keeping gene CT 값 이상해요 도와주세요ㅜㅜ
알PMH(일반인)  | 2022.12.06 10:33

안녕하세요 

real-time PCR 실험하다가 막히는 부분이 있어 조언을 얻고자 글을 올립니다.

HUVEC cell에서 RNA를 추출하여 여러 유전자에 대한 발현을 확인하고 있습니다. 

다른 유전자에 대한 발현은 잘 나오고 있습니다.

그런데 house keeping gene  ACTB만 이상합니다. 실험 초반에는 house keeping gene(ACTB)의 ct값이 24-25에서 발현되다가 갑자기 27-28에서 발현되고 있습니다.

-RNA 추출 시 농도와 QC에 이상없음.

-4ug으로 cDNA 합성 후 real-time PCR에 2ul(400ng)으로 실험

일단 DW, SYBR green, primer를 싹 교체 후 ACTB만 real-time PCR 하였습니다. 이때는 CT값이 24에서 나오는 것을 확인하고 실험에 들어갔습니다. 

그런데 다른 유전자는 이상없는데 ACTB만 27-28 심지어 30에서 나타나는 경우도 있습니다. 

cDNA 문제가 있다고 하기엔 다른 유전자 CT값이 일정하게 나타나고....

실험방법은 크게 변한게 없는데ㅜㅜ

혹시 Huvec cell passage에 따라 ACTB 유전자가 영향을 받는 것일까요??

 

#real-time PCR
 
#house keeping gene
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