skeletal muscle을 해본적은 없지만 비슷한 문제를 식물에서 겪어봤을때는 조직이 너무 연하거나 조건이 맞지 않으면 비슷한 경험을 했습니다. 

다른 논문 protocol을 참고하셔야할것 같네요

조직에 수분이 부족하면 그럴수 있습니다. 

파라핀블럭에서 조직이 드러나면, 얼음물에 블럭을 잠깐담궈서 불려준다음 깍으면 잘잘립니다. 

근육은 paraffin보다 snap frozen으로 자르는 것이 제일 좋았던 것 같습니다. 가능하시다면 snap frozen으로 진행해보시는 것을 추천드립니다.

paraffin section할 때 조직이 갈라지는 것은 조직처리 과정에서 시약이 제대로 조직안으로 침투되지 않아 그럴 수 있으니 확인하면 좋을 것 같습니다. 어느 부위의 skeletal muscle인지는 모르겠지만 확인하고자 하는 부위만 trimming하여 진행해보면 좋을 것 같습니다.

Skeletal muscle 같은 경우에는 paraffin embeding 시 크랙이 생기기 때문에 보통 Cryosection으로 진행합니다.

https://basicmedicalkey.com/muscle-biopsy-in-neuromuscular-diseases-3/

Cryosection prep 시에도 느리게 얼리면 조직 내 수분이 팽창하여 조직을 다 찢어놓기 때문에 수분이 결정구조를 형성하지 못하도록 LN2로 빠르게 얼려야 합니다.

https://basicmedicalkey.com/muscle-biopsy-in-neuromuscular-diseases-3/

저도 엄청 고생을 했던지라.. 참고했던 문헌 올리고 갑니다.