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질문 SDS-PAGE 밴드 휘어짐
알ckk(대학원생)  | 2022.11.25 10:08

최근 한달 사이에 PAGE를 내리면 두번째 사진처럼 양 끝쪽 밴드들이 더 많이 내려가 ∩ 모양으로 결과가 나오고 있습니다.

젤 퍼센트도 같거나 비슷하고, 버퍼도 동일하고, 러닝할 때 전압과 시간도 동일합니다. 유일하게 달라진 건 샘플버퍼를 새로 만들어서 썼다는건데 혹시 샘플버퍼 때문에 이런 문제가 생길 수 있나요? 체감상 샘플버퍼 바꾼 이후로 이런 문제가 생기는 것 같긴 하네요

 

upload_image

정상일 때. 두달전까지만 해도 전부 이런식으로 잘 내려왔어요

upload_image

최근에는 다 이렇게 양 끝이 휘어서 내려오고 있습니다

 

#SDS-PAGE
 
#밴드 휨
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
푸릉  |  2022.11.25    
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

비슷한 경험을 한적이 있습니다.

 

10% APS 냉동해서 사용하고 있나요 냉장해서 사용하고 있나요?

제작 후 보관기간은요?

 

10%가 안정성이 떨어져서 갑자기 망가지는 경우가 있습니다.

10% APS 다시 제작해서 분주하여 냉동보관 해놓고 사용해 보세요

알ckk  |  2022.11.25   

10% APS 5ml를 젤 8~10개 만들 분량 정도로 소분하여 -80도에서 냉동하여 사용하고 있습니다.

한번 제작하면 3달 정도 사용하는 것 같은데 APS 새로 만들어서 사용해보겠습니다. 감사합니다

대왕개구리강시  |  2022.11.25   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

혹시 upper buffer를 충분히 넣었는지 확인해 보세요.

대왕개구리SPEED  |  2022.11.25   

- APS가 문제가 있으면 gel이 안만들어지기 때문에 이유가 아닙니다.

 

- 전기영동 조건이 어떻게 되나요?

알ckk  |  2022.11.25   

-강시님

upper buffer 웰 덮도록 충분히 넣었고, 가끔씩 전기영동 중 버퍼가 새길래 탱크에도 버퍼를 많이 부어 셀 자체가 웰 위쪽으로 잠기게 했습니다. (셀은 잠기고 두 전극은 안 잠기는 선에서)

 

-SPEED님

155V, 75분 러닝합니다. 

버퍼는 Tris-glycine 에요

대왕개구리SPEED  |  2022.11.25   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

- upper buffer가 모자라면 연속적으로 휘어지지 않고 불규칙 적으로 wave가 생기기 때문에 buffer  문제도 아닐겁니다.

 

- sample과 gel문제 중의 하나로 보이기 때문에 우선 sample 문제를 확인해 보는 것이 빠를것 같습니다.

 

- 1) 동일한 gel에서 1, 3, 6, 9, 12, 15lane에 BAS가 있으면 1ug/5ul로

loading해 보세요.

 

- 잘 내려가면 gel문제입니다.

 

- 2) BSA로 해서도 동일하게 곡선으로 내려가면 100V로 내려 보세요.

 

- 잘 내려가면 100V 이하로 실험해야 합니다.

 

- 3) 100V 이하로 해서도 곡선으로 내려가면 전기영동 upper tank의 백금선 문제입니다.

앞다리필1  |  2022.11.25   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

1, 젤 제대로 안들어짐.

2. 런닝버퍼 충분하지 않아서 그럼. 이럴때는 끝까지 채우세요.

개구리차몬드  |  2022.11.25   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.
gel이 electrode assembly에 잘 조립되지 않아 안에
있는 버퍼가 샜을 수 있습니다 그러면 전압이 제대로 안 걸려 lane 마다 내려가는 속도가 달라 휘기도 합니다
assembly 조립 후 안에 부터 buffer를 부어서 안에 끝까지 다 붓고 밖에 마저 채우면 됩니다
혹시나 안에 버퍼가 샌다면 중간중간 전압을 멈추고 밖에서 안으로 버퍼를 보충해주면 됩니다
알ckk  |  01.04 11:05  

답변주신분들 감사합니다.

찾는데 오래걸렸지만 원인은 젤도, APS도, 러닝버퍼도, 샘플버퍼도, 전압도 아니였습니다

모든걸 새로 제작하고 전압도 100V 아래로 했지만 그 정도만 덜할 뿐 동일하게 휘길래 뭐가 문제인가 했더니 젤을 끼우는 어셈블리가 문제였네요... 

백금선이 멀쩡해 보이긴 했는데 다른걸로 바꾸고 4번 정도 내려봤는데 4번 다 멀쩡하니 어셈블리 문제가 맞아보입니다

upload_image

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