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BioLab 장재봉 교수
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 전체 > Molecular Biology-RNA > etc.
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질문 RNA-seq aligner STAR
알실초인(대학생)  | 2022.11.16 15:29

안녕하세요 RNA-seq 분석을 진행하고 있는 대학원생입니다.

전사체 분석이 처음이고 분자 실험에 대해서는 초보라서 질문 드립니다.

실험 식물종은 콩이고, 현재 기관에 rna-seq을 맡기고 raw data를 받아 qc, trimming 후 referenece genome에 read들을 맵핑하려고 합니다. 그런데 STAR aligner를 이용하려고 하는데 referenece genome은 fasta file로 annotation genome file은 GTF file로 다운로드해서 사용하라고 하는데 ensembl에서 annotation genome의 GTF형식의 파일을 찾을 수 없고, FASTA와 GFF3 형식만 존재합니다. Tophat도 GTF 형식의 파일을 사용하라고 나와있어서 콩의 annotation genome의 GTF 파일을 어디서 찾아야하나요? phyzome에서도 찾아보려고 했지만 못찾았습니다. 

도움 부탁드립니다!

#RNA-seq
 
#reference mapping
 
#soybean
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
앞다리실험은안될때가더많아  |  2022.11.21   

ensembl은 ebi에서도 찾아지기 때문에 ebi의 ftp에서 찾아보기도 합니다.

저는 식물쪽은 잘 몰라 콩의 학명을 검색해보니 glycine max로 나오네요

https://ftp.ebi.ac.uk/ensemblgenomes/pub/release-55/plants/gtf/glycine_max/

요기가 맞을 것도 같습니다.

상위 디렉토리들 확인해보면서 맞는지 확인해 보심을 추천드립니다.

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