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plasmid는 supercoiling 상태로 정제되기 때문에 아가로스젤 상에서의 이동속도는 linear DNA의 크기와는 좀 다르게 나옵니다. 게다가 아가로스젤 % 농도에 따라서도 supercoil DNA와 linear DNA의 크기가 달라져보이기도 합니다.
plasmid를 정제해 보면 정제된 DNA 양이 달라져 보이는 경우가 있습니다.
plasmid는 복제원점의 종류에 따라서 high copy plasmid (500-700 copy/cell, pUC18 origin), intermediate copy plasmid (20 이상 copy/cell, pBR322), low copy plasmid (1-2 copy/cell, F plasmid) 가 있습니다. 당연히 어떤 origin을 가진 plasmid인가에 따라서 정제된는 plasmid 양이 달라집니다.
이상하네요. Addgene에 확인해보면 pBGS10이 pUC origin이라 high copy plasmid이고, pT7 게열이 pBR322 origin인데....
윗 분 설명에 더해서,
high copy number의 plasmid 농도는
prep하는 e.coli 양을 절반이나 1/10 정도로 줄이면 잘 나올 수도 있어요.
이건 제 경험이니 아닐 수도 있지만 시도해볼 가치는 있다고 생각해요.
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레벨1
민자이
(대학생)
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22.10.04 12:25
다들 답변 감사합니다. 말씀해주신거 참고해서 공부 열심히하겠습니다!
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레벨1
Apoptin
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22.10.05 09:50
윗분들 말씀대로 하면 될 것같은데
보통 vector에 들어 있는 걸로 추정되는 R.E를 이용해서
자른 뒤 전기영동하는 것도 방법입니다.
linear form으로 나올테니 Target size로 확인 가능하실겁니다.