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 전체 > Molecular Biology-DNA > Gene Cloning
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질문 mini prep 결과가 이상해서 여쭤봅니다.
알민자이(대학생)  | 10.01 21:53
첨부파일 파일첨부: KakaoTalk_20221001_214115243.jpg (922 KB)
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안녕하세요! 실험수업으로 prep을 해서 결과를 봤는데, 제가 책에서 배운 내용으로만 결과를 해석하기 어려워서 여쭤봐요.

pT7-7은 2473bp로 나오는데 결과에서는 길이가 다르게 나오는게 초나선형 구조때문에 더 짧게 나오는 걸까요? 또 밴드가 왜 두개로 나오는지는 모르겠어요.

 

나노드랍을 해보면 pBGS18은 prep을 다시 해서 해도 이정도로 낮게 나오는데 pT7-7은 매우 잘 나오는걸 보면 균이 아픈걸까요?... 

pBGS18

Conc : 37.09                                   

260/230 : 1.70

260/280 : 1.49

pT7-7

Conc : 565.37

260/230 : 2.02

260/280 : 1.83

 

#prep
 
#electrophoresis
 
#nano drop
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리강시  |  10.02 09:39  

plasmid는 supercoiling 상태로 정제되기 때문에 아가로스젤 상에서의 이동속도는 linear DNA의 크기와는 좀 다르게 나옵니다. 게다가 아가로스젤 % 농도에 따라서도 supercoil DNA와 linear DNA의 크기가 달라져보이기도 합니다.

 

plasmid를 정제해 보면 정제된 DNA 양이 달라져 보이는 경우가 있습니다.

plasmid는 복제원점의 종류에 따라서 high copy plasmid (500-700 copy/cell, pUC18 origin), intermediate copy plasmid (20 이상 copy/cell, pBR322), low copy plasmid (1-2 copy/cell, F plasmid) 가 있습니다. 당연히 어떤 origin을 가진 plasmid인가에 따라서 정제된는 plasmid 양이 달라집니다.

 

이상하네요. Addgene에 확인해보면 pBGS10이 pUC origin이라 high copy plasmid이고, pT7 게열이 pBR322 origin인데....

123  |  10.02 13:35   

윗 분 설명에 더해서,

high copy number의 plasmid 농도는

prep하는 e.coli 양을 절반이나 1/10 정도로 줄이면 잘 나올 수도 있어요.

이건 제 경험이니 아닐 수도 있지만 시도해볼 가치는 있다고 생각해요.

알민자이  |  10.04 12:25  
다들 답변 감사합니다. 말씀해주신거 참고해서 공부 열심히하겠습니다!
알Apoptin  |  10.05 09:50  

윗분들 말씀대로 하면 될 것같은데

 

보통 vector에 들어 있는 걸로 추정되는 R.E를 이용해서

 

자른 뒤 전기영동하는 것도 방법입니다.

 

linear form으로 나올테니 Target size로 확인 가능하실겁니다.

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