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 전체 > Molecular Biology-DNA > Gene Cloning
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질문 C사의 DNA 염색 시약에 대해...
대왕개구리안재진(과기인)  | 09.28 11:51
첨부파일 파일첨부: 크기변환_ladder size.png (983 KB)
이미지 첨부파일

먼저 제조사는 명기하지 않고 C사라 하겠습니다.

제가 사용한 것은 10,000x ETBR 대응 blue light 발광 시약입니다.

퀄리티는 매우 좋게 나왔습니다.

dye와 ladder를 섞어 놓고 볼륨의 양으로 loading 한 결과 사이즈 차이가 나는 것으로 확인했습니다.

여기서 일반적으로 생각할수 있는건 dye의 분자량이 영향을 줘서, 많은 양의 ladder를 loading 하면 속도가 느리고, 적은양의 ladder는 상대적으로 빠르게 이동한다라고 보는게 일반적일 것입니다.

이 데이터를 가지고 본사에 문의한결과

Dear Customer,

thank you for your request.

Commonly low amount of DNA showed fast run and high amount of DNA showed slow run, the same behavior is showed by the proteins.

The run depends from the amount of DNA sample loaded and not from the green stain used at the same quantity for each DNA samples.

DNA의 양에 따라 이동속도가 차이나는 것은 당연하다 라고 답변을 주네요...

여러분은 어떤게 맞는 것 같습니까?

1. DNA 양이 많으면 dye가 더 많이 binding 하여 이동속도에 영향을 주었다.

2. 아니다 같은 비율로 dye가 바인딩 하니 DNA의 양에 따라 이동속도에 영향을 주었다.

참고로 제조사인 C사는 결코 작은 회사는 아닙니다. 형광쪽으로 유명한 회사입니다.

#DNA
 
#running
 
#sybr
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리안재진  |  09.28 11:59  
추가로 전기영동은 loading 샘플에 dye를 섞어 사용했습니다
대왕개구리SPEED  |  09.28 12:10  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

- 어떤 dye인가요?

대왕개구리안재진  |  09.28 12:28  
Green staing dye 입니다
Pre post loading mix 모두 가능하다는 제품 입니다
Dye 물질명은 공개되어 있지는 않아 이름을 알진 못합니다 그러나 아마도 sybr 유사체일것으로 예상합니다

추가적으로 loading 볼륨은 2배 희석된 볼륨이라서 일반적 실험기준으로는 ladder 0.3ul가 걸린 상태 입니다
대왕개구리SPEED  |  09.28 12:34  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

- 어떤 dye인지 대충 알수 있으며 EtBr과 동일하게 (+) charge를 가집니다.

 

- 첨부 사진은 전기영동을 얼마 내리지 않았는데 정상적으로 전기 영동을

내리면 어떻게 보이나요?

 

- 전기영동을 다 내려보고 판단할 문제인것 같고 회사의 설명과 같으면

dye로서의 기능을 할수는 없습니다.

 

- 어떤 dye도 DNA와 결합 후 전기영동 이동 속도에 문제를 일으키지

않을 겁니다.

 

 

대왕개구리안재진  |  09.28 12:53  
저도 비슷한 생각이고 pre 나 post 염색법으로 사용하면 모르겠지만 loading 법으로사용은 어려울것 같네요

그런데 회사측 답변에서 단백질이건 DNA건 로딩양이 많아지면 mobility에 영향을 준다는데 어찌 자신있게 저런 답변을 했을까요?

회사측에서는 dye가 영향을 준것이 아니고 내 샘플양이 이동속도에 영향을 주었다고 하네요

혹시 제가 모르는 그런 현상이 진짜 있을까요?
대왕개구리SPEED  |  09.28 12:56  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

- 그런 논리라면 EtBr 또한 사용하지 못합니다.

 

- 전기영동을 밑에까지 내리면 정상적으로 나오지않나요?

 

대왕개구리안재진  |  09.28 13:10  

전체 전기영동은 해보질 않았습니다....

초기 이동속도가 끝까지 갈 것이라 생각하고 성급하게 사진을 찍어 버렸네요... 

대왕개구리SPEED  |  09.28 13:18  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

- 다 내리면 정상적으로 전기영동 될 겁니다.

 

- 해당dye는 (+) charge로 EtBr과 동일하게 움직이기 때문에 EtBr도 DNA양이 

많으면 느리게 내려가야 하는데 양에 관계없이 정상적으로 내려갑니다. 

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