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 전체 > Molecular Biology-DNA > Gene Cloning
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질문 Promoter를 만들려고 하는데 앞 뒤 sequence를 알 수가 없습니다.
알수박고구마(대학원생)  | 09.20 12:28

안녕하세요 대학원 초년생입니다. 랩 구성원의 도움을 받기 힘들어서 질문글을 올리게 되었습니다.

 

Pichia ciferrii의 Translation elongation factor(TEF) promoter를 chormosomal DNA에서 PCR로 떠서 만들려고 합니다.

 

NCBI에서 TEF의 protein은 찾았는데, TEF gene에 대해서는 찾지 못해서 일단 protein sequence를 확인해왔습니다.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/EF552563.1?from=1&to=867

해당 sequence의 앞쪽 seq을 알아야 promoter primer를 디자인 할 수 있을 것 같은데, 확인할 수 있는 방법이 있을까요?

 

추가적으로 하나만 더 질문 드리자면, Translation elongation factor와 elongation factor는 동일한 것인지 여쭙고 싶습니다.. Translation elongation factor and pichia ciferrii 로 검색을 했을 때 EF는 많이 나오는데 TEF는 검색되지 않아서요..

 

#promoter
 
#TEF
 
#EF
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  09.20 12:35  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

- NCBI에 Pichia ciferrii TEF N-term의 염기서열이 있기 때문에 ATG 상류로

염기서열 분석을 한 후 PCR로 promoter 영역을 얻을 수 있습니다.

알수박고구마  |  09.20 12:37  

speed님 답변 감사합니다.. 죄송하지만 혹시 그 방법도 알려주실 수 있으실까요...

 

이틀째 NCBI를 만져보고 있는데 아직 모르는게 너무 많은 것 같습니다..

대왕개구리SPEED  |  09.20 12:41  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

- 어떤 부분이 이해가 되지 않나요?

알수박고구마  |  09.20 12:45  

1. Pichia ciferrii and TEF 로 검색했을 때 나오는 gene은 putative regulatory protein 으로 검색됩니다. 이걸 사용해도 괜찮은지 모르겠습니다.

 

2. NCBI에 Pichia ciferrii TEF N-term의 염기서열이 있다고 하셨는데, 이것을 찾아보는 방법을 잘 모르겠습니다. 1번에 질문드린 방법대로 검색하면 되는건지 알려주시면 감사하겠습니다.

 

3. TEF gene과 EF gene이 동일한 것인지도 알고싶습니다. Saccharomyces cerevisiea에서는 S. cerevisia and TEF로 검색하면 아주 잘 나오는데... Pichia ciferrii는 연구가 덜 되어서 그런건지 잘 안나와서 조금 답답하네요..

대왕개구리SPEED  |  09.20 12:58  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

1. putative regulatory protein 으로 검색됩니다. 

: 현재로서는 putative 자료 밖에 없습니다.

 

2. 염기서열

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/XM_011274040.1

 

3. 세포에서 elogation으로 부르는 반응이 여러개 있나요?

S.cerevisiae는 산업적으로 가장 많이 사용되는 효모이기 때문에 2000년도에

genonome project가 끝났지만 Pichia는 산업적으로 많이 사용하는 pastoris

정도만 염기서열 대부분을 알수 있습니다.

ciferrii는 연구가 많이 되지 않아서 genome 정보가 별로 없습니다.

 

- 추가로 ciferrii의 부분 gDNA 자료를 보면 TEF 상류 염기서열이 나와있는데

그래도 직접 염기서열 분석을 해서 확인하는 것이 좋을 것으로 판단됩니다.

알수박고구마  |  09.20 13:26  

답변 감사합니다.. 두 가지만 더 여쭙고자 합니다.

 

1. elongation이라고 부르는 것이 여러 개인지 잘 모르겠습니다.. 

 

2. 찾아주신 seq에서 상류서열을 어떻게 확인하라는 말씀이신지 잘 모르겠습니다. sequencing을 통해서 확인해보라는 말씀이신지요? 그리고 NCBI에서 상류서열을 확인하는 방법도 말씀해주시면 감사하겠습니다..

대왕개구리SPEED  |  09.20 13:46  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

- N-term을 사용하여 R primer를 만들어 염기서열 분석하면 promoter 부분이 읽혀 집니다.

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