실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > Sequencing
Sequence 짜는 방법
레벨1 초초초초초보 (과기인)
안녕하세요 plasma를 업체에 분석을 맡겨서 나온 mutation들 중 하나의mutation에 detect 할 수 있는 primer 와 probe 을 제작해서 ddPCR을 하고자 합니다. 제가 대학원 입학 예정인 새내기고 DNA관련해서 처음 해봐서 지식도 없고 찾아봐도 더 혼란스러워 져서 결국 여쭤보게 되었습니다... 해당 mutation의 sequence 를 알아야 제작할 수 있을 것 같아서요. 업체에서 준 mutation 정보 genotype : C/CA ref:C observed allele:CA gene:TP53 Location: TP53:exonic:NM_000546.5 amino acid change: p.Q331fs exon:9 transcript:NM_000546.5 coding: c.992_993insT dbSNP:rs11575996 1. 저는 TP53 gene 에 992번에서 993번 사이 코드에 T가 추가되서 ref는 C 인데 CA로 된 변이가 발견된거라고 이해했는데 맞을까요? 2. NCBI 에 들어가서 TP53 gene 의 sequence 를 찾았고 9번 exon 서열까지 찾았는데요. 그 서열들 중에서 해당 변이가 일어난 부분이 어딘지 모르겠어요 3. coding: c.992_993insT인데 TP53의 exon9 의 CDS range 가 7,673,535-7,673,608 입니다.. 이 c.992_993 부분이 어디인지, CDS range 랑 다른거겠죠,,? 4. NCBI TP53 FASTA를 보면, 왼쪽에 숫자들이 밑으로 나열되있고 1, 101,201... 이렇게 계속 나열되있고 오른쪽으로 catg이런식으로 염기들이 나열되어 있습니다. c.992_993 이 부분을 혹시 이 왼쪽에 숫자들을 보고 찾으면 되는걸까요? 5. sequece를 어디부분부터 어디까지 짜야하는지, 길이를 몇 bp까지 짜야하는지 기준이 있는지 알려주실 수 있을까요..? 너무 어렵습니다..ㅠㅠ 도와주시면 감사하겠습니다..
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