cloning과 관련해서 이곳에 몇 번 질문을 남긴 적이 있었는데, 마침내 cloning이 최종적으로 성공한 것 같습니다. 그런데, insert1은 sequencing을 통해 삽입하였지만 insert2는 확인하지 못해 확인 과정이 필요합니다. 이를 위해서 원래는 colony PCR이나 제한효소 처리를 통해 insert가 분리되는지 관찰하고 있습니다. 그런데 이번에는 처음 vector에도 같은 항생제 저항 유전자가 들어있고, 또 무엇보다 형질전환 colony가 너무 많이 떠 제가 찾는 플라스미드를 찾는데 시간이 많이 소요될 듯 합니다. 그래서 size로 1차적으로 거르기 위해 전기영동을 하려 하였는데, 실험실에 계시는 분이 알려주시기로 저희 실험실 전기영동 기계는 5000bp이상의 플라스미드는 잘 분리가 되지 않는다고 합니다. 전기영동의 원리를 생각해보면 agarose gel의 농도를 높이면 괜찮을 것 같은데, 제 생각이 맞을까요? 아니면 혹시 제가 선택할 수 있는 다른 방법이 있을까요?
네, 분리해야 하는 플라스미드가 각각 6000, 6500bp 정도 됩니다. 많이 큰 편은 아니지만 저희 실험실 기계로는 분리가 어려워서 크다고 적었습니다. 플라스미드 프랩은 해놓은 상태인데, pcr을 돌리는 것은 시간이 너무 오래 걸리고 무엇보다 enzyme cut한 부위가 프라이머 결합부위라 프라이머 주문부터 기다려야 할 것 같아 다른 방법을 찾아보는 중이었습니다.