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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 real time pcr ct값이 이상합니다 도와주세요
알살려주세요(대학원생)  | 08.18 09:14
안녕하세요
실험 햇병아리 대학원생 입니다!
GAPDH 의 경우 어느 sample이든 CT값이 15-16정도 나오지만 target gene의 경우 scr sample은 CT값이 28, siRNA를 treat한 sample들은 CT값이 25정도 나와서 siRNA을 쳤는데도 불구하고 efficency가 내려가지 않고 오히려 올라가는 상황을 보입니다ㅠㅠ시약을 바꿔도 Sample을 다시 뽑아도 같은 결과가 나옵니다ㅠㅠㅠ 이유를 아시는분 있을까요? 도와주세요ㅠㅠㅠㅠ
#qPCR
 
#CT
 
#siRNA
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
456  |  08.18 10:24   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

siRNA로 target gene knockdown이 안되서요.

알살려주세요  |  08.18 15:08  

동일한 조건으로 다른 siRNA를 treat 하면 90-95% knockdown 되는 반면 지금 사용한 siRNA은 3번정도 60% knockdown되고 그외에는 다 증가하는 양상을 보입니다..! 실험과정에 문제가 있을까요? 아니면 siRNA 또는 프라이머에 문제가 있을까요?ㅜ

456  |  08.18 17:05   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

사용한 세포와 siRNA transfection조건은 모두 동일한 상황에서 'target A' - siRNA에 의해 knockdown이 잘되는데, 'target B' - siRNA에 의해서 knockdown이 잘 안된다는고 하시는데,
그러면 siRNA sequence를 다른걸로 쓰거나 mixed 된걸로 사용해보시고요. 그래도 잘 안되면 Lentivirus - shRNA를 이용해야겠죠.

그리고 targeting하는 mRNA의 coding sequence와 사용한 PCR primer sequence를 확인해서 제대로 된거 사용했는지 확인하거나, 다른 PCR primer를 design해보세요.

알살려주세요  |  08.24 13:50  

감사합니다!

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