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질문 Bioinformatics
뒷다리나다니95(일반인)  | 08.10 13:55

안녕하세요, 고수님들 질문이 있습니다.

제가 CCLE data base에서 protein expression을 보고자 합니다.

그런데 발현들이 cell line별로 나와있는데,

궁금한 것은 이 protein expression은 어떤 기준으로 발현을

표현한 것인지 궁금합니다.

예를 들어 우리가 WB을 하면 actin과 비교하여 발현을 나타내고

그를 토대로 다른 cell line과 비교하여 발현을 나타내는데

이 data base는 어떤 기준인지 궁금합니다.

아시는 분 계신가요,,?

#Bioinformatics
 
#CCLE
 
#Pretein
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
..  |  08.10 15:24   

그런 류의 데이터는 대부분 mRNA level을 측정한 결과입니다.

아마도 RNAseq 결과일겁니다.

알noted  |  08.11 00:20  

mass spec proteome 데이터가 있네요.
 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867419313856 논문을 살펴보시면 TMT 사용해서 multiplex 할 때 일종의 standard를 사용하여 (bridge channel)  normalization 한다고 합니다. 참고해보시면 좋을듯 합니다.

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